壹、機構分類不同
1、醫療保險處機構分為政府機構型、獨立經營型和中間型；
2、醫保中心分為生育保險科、業務管理科、稽核科、大額保險辦公室、醫療服務科、慢性病管理科、醫療管理科、基金征繳科、信息管理科、計劃財務科和綜合科。
二、機構性質不同
1、醫療保險處從總體上講是壹種社會公益事業，而不是壹種商業性的經濟活動。因而，作為具體承辦這壹業務的醫療保險機構，不同於壹般的營利性商業保險公司，它是壹種非營利機構，在我國也稱為事業性機構。
2、醫保中心的單位性質是國家行政機關，隸屬於當地人力資源和社會保障局。
三、各自的職能
1、醫療保險處的職能
由於醫療保險活動是壹種專業性很強的活動，在政府制定有關政策法規和計劃時，需要有醫療保險機構的參與。醫療保險機構根據自身掌握的第壹手資料，主動為政府制定醫療保險政策法規和計劃提供合理依據和建議，也是保證有效開展醫療保險業務的前提。
2、醫保中心的職能
（1）協調辦理單位行政事務，確保工作有序運轉。
（2）負責有關文件、總結、報告和領導講話等綜合文稿的起草工作。
（3）負責公文歸檔、保管、調閱等工作。
（4）負責來文簽收、擬辦、傳閱、催辦、督察落實工作。
（5）負責信息的采集、編寫、報送和反饋工作。
（6）負責人大、政協提案的辦理和省政府督辦事項的落實工作。
（7）負責會務組織、日常接待及相關活動的聯絡、協調工作。
擴展資料:
機構分類
根據醫療保險機構獨立經營程度的高低，大體可以分為三類:
1、政府機構型
這類醫療保險機構的運行基本按政府計劃規定行事，主要目標是保證政府計劃的落實，少有獨立經營的余地，可以視為政府的派出機構。
其機構成員類似於國家公務員，經營活動幾乎沒有風險，經營效果主要依賴於行政管理水平。這類醫療保險機構在各國醫療保險機構中較少見到，只見於加拿大等國。
2、獨立經營型
這類醫療保險機構在經營方面基本獨立，包括組織人事、財務安排、經營決策等都可自行決定，只是在總體上按照政府有關醫療保險的法規行事，並接受國家有關部門的監督。
這類醫療保險機構在財務經營方面自負盈虧，可以發展，也可能倒閉。商業保險公司經辦的醫療保險多屬此類。這類醫療保險機構也不普遍，可見於美國、荷蘭等國。
3、中間型
世界多數國家的醫療保險機構屬此類型。這類機構壹方面接受政府統壹的計劃安排，另壹方面又有相對獨立的經營權，如在決定保險範圍、保險費率和經營方式方面擁有壹定程度的自主權。
因此，這種類型的醫療保險機構既可在實施醫療保險過程中保證社會公益性，又可通過保險機構間的競爭保持較好的效率和效益，是壹種較為合理的機構形式。
參考資料來源:百度百科-醫療保險機構