根據上述職責，省衛生廳設17個內設機構和機關黨委、離退休人員工作處。
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、政務公開、來信來訪、衛生統計、新聞發布等工作；綜合協調機關政務工作；負責重要會議的組織和會議決定事項的督辦工作。
（二）人事處（外事處）。
擬定全省衛生人力發展規劃和政策並指導實施；負責機關和直屬單位的人事勞資、機構編制及衛生專業技術人員資格的管理工作；負責衛生系統管理幹部培訓和表彰工作；承擔組織指導衛生方面的政府與民間多雙邊合作交流和衛生援外工作；組織協調我省與世界衛生組織及其他國際組織在醫學衛生領域的交流與合作；承擔與港澳臺的衛生合作工作。
（三）規劃財務處。
擬定衛生事業中長期發展規劃，推動區域衛生規劃工作；統籌規劃與協調衛生資源配置，管理大型醫用裝備的配置；提出醫療服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策的建議；組織擬定全省衛生裝備管理辦法和標準；擬定藥品和醫療器械采購相關規範；負責機關和直屬單位財務管理、國有資產管理監督與內部審計工作。
（四）政策法規處。
負責綜合性衛生政策研究；起草衛生相關的地方性法規、規章草案；承擔規範性文件的合法性審核工作；指導衛生系統法制建設，承擔法制宣傳教育工作；監督衛生行政執法行為；牽頭組織行政處罰和行政許可事項的聽證，承辦廳機關行政處罰聽證、行政復議、行政應訴、行政賠償及其他法律事務。
（五）衛生應急辦公室。
承擔指導協調全省衛生應急工作，擬定衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、培訓演練、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織指導對重大突發公***衛生事件和其他突發事件預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
（六）疾病預防控制處（地方病預防控制處）。
擬定全省重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；承辦地方病預防控制的相關工作；承擔防治艾滋病的相關工作。
（七）農村衛生管理處。
承擔綜合管理農村基本衛生保健和新型農村合作醫療保障工作，擬定有關政策、規劃並組織實施；指導全省農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實。
（八）婦幼保健與社區衛生處。
擬定婦幼衛生、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；擬定婦幼衛生技術標準；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。
（九）醫政處。
擬定醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；擬定醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理。
（十）中醫藥管理局。
擬訂中醫藥事業發展的規劃、政策和相關標準，參與省級重大中醫藥項目的規劃和組織實施；承擔中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理責任；擬定各類中醫醫療、保健等機構管理規範和技術標準及規劃並組織實施；負責監督和協調醫療、研究機構的中西醫結合工作；參與擬定中藥產業發展規劃、政策；組織實施中醫藥專業技術人員資格標準和中醫藥師承教育、繼續教育和相關人才培訓工作，參與指導中醫藥教育改革，參與擬定中醫藥教育發展規劃；負責中醫藥科學研究、技術開發規劃及項目管理；承擔老中醫經驗和中醫古籍的整理研究工作；指導社區和農村中醫藥工作。
（十壹）醫療服務監管處。
承擔醫療機構醫療服務監管工作，建立醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作；擬定城市醫療支援農村醫療工作的政策並組織實施；建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，推進公立醫院管理體制改革。
（十二）食品安全綜合協調處。
負責食品安全綜合協調工作；組織擬定食品安全地方標準；組織查處食品安全重大事故；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；負責食品生產企業的企業標準備案工作；承擔重大食品安全信息發布工作。
（十三）衛生監督處。
指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件。
（十四）藥物政策與基本藥物制度處。
貫徹國家基本藥物制度、藥品法典、國家基本藥物目錄並組織實施；擬定本省基本藥物的采購、配送、使用的政策措施；會同有關部門提出國家基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出國家基本藥物制度本省補充目錄的價格政策提議。
（十五）科教處。
擬定醫藥衛生科技發展規劃；組織協調國家和省重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究醫學衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十六）幹部保健處。
擬定並組織實施本省保健工作的政策和規劃；負責省委保健領導小組確定的保健對象的醫療保健和預防保健工作；承擔省重要會議及重大活動的醫療衛生保障工作；負責中央保健對象及重要外賓在省內工作期間的醫療衛生保障工作；承擔省保健領導小組辦公室的日常事務性工作。
（十七）省愛國衛生運動委員會辦公室。
擬定全省愛國衛生工作的中長規劃、年度計劃，統籌協調省愛國衛生運動委員（簡稱省愛衛會）會各成員部門工作職責的落實，開展群眾性愛國衛生活動；指導全省各市、縣（區）愛國衛生運動工作；組織開展創建衛生城市、衛生縣城、衛生村鎮和農村改水、改廁工作；組織開展除害防病工作；承辦省愛衛會的日常工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員工作處負責機關離退休人員管理服務工作，指導直屬單位離退休人員管理服務工作。
紀檢監察機構按晉辦發〔2005〕17號文執行（行政編制4名已劃轉省紀委統壹管理）。