市醫療保障局設有以下內設機構
(1)辦公室。負責機關日常運行，承擔安全、保密、宣傳、信息、信訪、檔案、重要文稿起草、政務公開和對外合作交流等工作。組織編制醫療保險基金預決算草案，承擔機關及直屬單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。承擔機關及直屬單位的人事管理和機構編制工作。組織制定醫療保障工作規劃和年度計劃。負責醫療保險信息化建設，承擔數據統計和數據資源利用工作。組織開展醫療保障政策綜合研究。起草醫療保障方面的地方性法規和標準。負責辦理全國人大和CPPCC的建議。承擔機關規範性文件合法性審查，承擔行政復議、行政訴訟等工作。承辦機關及下屬單位的黨群工作。
(2)業務部門。
1，組織制定和實施醫保籌資和待遇政策，統籌城鄉醫保待遇標準。統籌推進多層次醫療保障體系建設。實行醫療保障關系轉移接續制度。組織醫療救助。組織制定長期護理保險制度改革方案並組織實施。落實醫保目錄和支付標準，實行動態調整機制。規範醫療機構服務協議訂立，落實定點醫療機構協議和支付管理辦法，落實異地就醫管理辦法和結算政策。組織推進醫療保險支付方式改革。組織市(縣)級負責的藥品、醫用耗材和醫療技術的經濟評價。
2、落實藥品、醫用耗材價格政策，組織制定醫療服務項目、醫療服務設施收費等政策並組織實施，建立價格信息監測和信息發布制度。落實藥品和醫用耗材招標、采購、配送、結算等管理政策，指導全市醫療衛生機構藥品、醫療設備和醫用耗材集中采購的監督管理，發揮藥品和醫用耗材招標采購平臺監管作用。
(3)資金監管科。組織實施醫療保險基金監督管理辦法。建立健全醫療保險基金安全防控機制，建立健全醫療保險信用評價體系和信息披露制度。對納入醫保支付範圍的醫療服務行為和醫療費用進行監督管理，規範醫保經辦業務。受理醫療保障領域的投訴和舉報，依法查處違法違規行為。