甲亢的治療藥物有很多，主要分為主藥和輔助藥兩大類，主藥是指治療甲狀腺功能亢進的藥物，輔助藥是指治療甲狀腺疾病的藥物。
1.主要藥物
（1）硫脲類（如丙基硫脲嘧啶、甲基硫脲嘧啶）和咪唑類（如甲巰咪唑、卡比馬唑）：這兩類藥物是目前應用最廣泛的藥物，它們的作用非常相似，都是抑制甲狀腺激素的分泌，同時還能提高免疫監視的功能，對長期緩解甲亢有非常大的幫助。丙基硫氧嘧啶還能將體內的T4轉化為T3，可作為重癥甲亢和甲亢危象的首選藥物。
（2）碘化物（包括復方碘溶液和碘化鈉）：該藥常用於甲亢危象，可抑制甲狀腺素的釋放，迅速減輕甲亢癥狀。
（3）碳酸鋰：主要用於甲亢合並白細胞減少癥患者及131I治療前的準備，不良反應有精神抑郁，對腎小管也有損害，使用時要嚴格按照說明書的用法用量執行。
2.輔助用藥
抗甲狀腺藥物由於起效緩慢，所以患者在治療初期和減量期仍會出現甲亢癥狀。此時，就需要應用壹些輔助藥物，常用的有：
（1）治療心臟癥狀的藥物：壹般在藥物治療早期與抗甲狀腺藥物同時應用，如普萘洛爾等，可減輕心悸、心動過速、精神緊張、多汗等，但心率減慢或妊娠期甲亢應禁用。
（2）甲狀腺片或丁香油酚：壹般用於減藥期和維持期，此時患者可能出現甲減癥狀，可避免甲狀腺腫大和突眼的加重，在維持期結束停止服用咪唑類和硫脲類藥物前應用這類藥物可有效減少甲亢的復發。
（3）糖皮質激素：如潑尼松、地塞米松等。其中，潑尼松主要用於緩解嚴重甲亢的癥狀，減輕嚴重並發癥和藥物不良反應。地塞米松主要用於甲狀腺腫大明顯的甲亢，此類藥物也常用於甲亢伴皮膚粘液性水腫。
（4）鎮靜劑：如地西泮等，可用於緩解患者的緊張、焦慮、失眠。
（5）其他藥物：常用的輔助藥物還有維生素B4、維生素B1、復合維生素B、三磷酸腺苷、肌酐等。