所謂特殊疾病門診，是指為充分發揮基本醫療保險的作用，滿足長期患慢性病、需要長期用藥的參保患者的基本醫療需求，減輕其醫療費用負擔，對部分患大病、慢性病且醫療費用較高的特定人群進行門診治療的方式。
符合特殊疾病門診醫療條件的，門診藥品費用可按住院費用報銷，可由統籌基金和個人賬戶按比例承擔。也就是說，這些特殊疾病患者雖然不需要住院治療，但其所患特殊疾病的治療所產生的醫療費用，可以作為住院費用，在重大疾病醫療保險基金中列支。
這壹規定是對特殊疾病患者的特殊待遇和政策，既可以提高對部分慢性病患者健康權益的保障，也有助於提高醫療資源的利用效率。
特殊疾病門診的壹般範圍會根據各地的實際生活水平而有所不同，但壹般包括各種慢性病:尿毒癥透析治療；器官移植後的抗排斥治療；惡性腫瘤、糖尿病(合並嚴重感染或心血管、腎臟、眼部、神經系統並發癥之壹)的放化療；心腦血管疾病嚴重並發癥(陳舊性心肌梗死、中風嚴重後遺癥):慢性肺源性心臟病(心功能不全ⅰ級)；活動性肺結核；
緩解期或鞏固期的精神分裂癥或情感障礙、慢性肝炎或肝硬化、慢性腎功能不全(氮血癥期)、高血壓(III)；慢性再生障礙性貧血；類風濕(肢體功能障礙、關節扭曲)；帕金森綜合征；系統性紅斑狼瘡；以及當地醫保中心確認的其他疾病。各地社會保險經辦機構制定特殊疾病目錄，規定特殊疾病的確認標準和報銷範圍。