治療方法較多，但尚無特別有效的方法。除極個別有可能發生惡變外，基本上呈良性，通常有自限性，多數病例可能在2年內自愈。所以，在采用某種治療時應權衡利弊，選擇合適的方法。
1.壹般治療 限制飲酒及刺激性飲食，生活要規律化，消除精神緊張治療慢性病竈，控制搔抓及避免熱水肥皂燙洗等。
2.內用治療
(1)皮質類固醇激素：是治療本病較有效的藥物，尤其適用於急性泛發性者，可使皮損消退，瘙癢減輕。應用的最小有效劑量相當於潑尼松15～20mg/d，有效後逐漸減量至停藥，用藥時間約3個月左右。
(2)維A酸：有用單芳香維甲酸阿維A酯(依曲替酯)75mg/d及阿維A酯的主要代謝產物阿維A酸(伊曲替酸)20～50mg/d治療扁平苔蘚獲良效的報道。亦可用13-順維甲酸30～50mg/d。有效者壹般表現為治療後1個月瘙癢減輕2～3個月後皮損範圍縮小浸潤減輕，緩解或顯效常出現於療後4～6個月，口腔黏膜損害則常需較長時間的治療才能奏效。用藥1個月無效時應停藥。維A酸治療扁平苔蘚的作用機制尚不清楚，可能與其有抑制表皮角化過度，能使萎縮或角化過度的上皮細胞恢復正常有關。
(3)抗組胺藥：對瘙癢者可予應用，以減輕癢感。
(4)氨苯碸：對皮膚和口腔糜爛型及大皰性扁平苔蘚有效。用量50mg，口服，每天2～3次。
(5)抗生素：有報告用異煙肼、青黴素、磺胺甲惡唑/甲氧芐啶(復方新諾明)、甲硝唑治療扁平苔蘚有效。
(6)灰黃黴素：文獻報道用灰黃黴素治療扁平苔蘚，痊愈率達54.5%～70%，療效與皮損的急性程度及療程長短有關。每天用量0.6～1.0g療程2～3個月，伴甲損害者療程需更長壹些，用藥1個月左右可開始減量作用機制與灰黃黴素抗有絲分裂作用有關。
(7)氯喹或羥氯喹：對光線性扁平苔蘚和扁平苔蘚甲療效較好，對大皰性扁平苔蘚、紅色扁平苔蘚、線狀扁平苔蘚和黏膜扁平苔蘚也有效。劑量為250mg，每天2次，兩周後改為250mg，每天1次，連服1～3個月。羥氯喹，200～400mg/d有作者觀察氯喹治療口腔扁平苔蘚前後血清白介素2受體的變化及與臨床癥狀改變的關系，認為用氯喹治療口腔扁平苔蘚時以30天1療程為宜，在2個療程間可以用其他方法治療，這樣既可控制扁平苔蘚的癥狀，又可避免因長期應用氯喹而引起的毒副作用。
(8)免疫調節劑：左旋咪唑治療本病有效，對泛發性扁平苔蘚及紅斑性扁平苔蘚療效較好，轉移因子對治療口腔扁平苔蘚有壹定效果。
(9)苯妥英鈉：有報告用苯妥英鈉每天100～200mg治療25例扁平苔蘚病人，其中15例用藥9～24周，10例用藥2～8周，結果14例獲痊愈，11例顯效。其作用機制可能與其能抑制細胞介導的免疫異常、減少白細胞遊走、抗炎、抗膠原酶和溶酶體酶活性等作用有關。
(10)免疫抑制劑：對較嚴重的、頑固難治的扁平苔蘚可試用硫唑嘌呤或環磷酰胺25～50mg，每天2次近年有壹些報道用環孢素治療扁平苔蘚效果明顯，用量為3～5mg/(kg·d)，療程2周皮損明顯好轉，但停藥後有復發者本藥價格較貴，且可致高血壓，腎功能不全等全身副作用，故應慎用。
3.局部治療
(1)外用藥原則為止癢、消炎可用各種皮質類固醇乳劑或用0.05%～0.1%維A酸霜，或各種焦油制劑(如黑豆餾油、糠餾油、松餾油、煤焦油)及5%水楊酸、1%～2%石炭酸等配成軟膏或泥膏外用。對限局性或肥大性者可用10%～20%水楊酸火棉膠外塗
(2)口腔糜爛者除用雙氧水、復方硼酸溶液或菊花、雙花沖水含漱口腔外，可用鵝口散、鐋類散、西瓜霜、青黛散等外塗或復方維甲酸藥膜外用。
(3)少數孤立或肥大型及外用藥物無效者可用醋酸潑尼松龍或地塞米松加等量1%鹽酸普魯卡因註射液皮損處皮下註射每周1～2次4次為1療程。
4.物理治療及手術治療
(1)光化學療法(PUVA)：有報道用光化學療法治療扁平苔蘚有效，臨床得到緩解，組織學上也顯示皮損內炎癥細胞消失，痊愈者未見復發故認為用PUVA治愈扁平苔蘚後無需再用維持量鞏固療效。
(2)激光：紅斑鱗屑性損害可用氬離子激光照射；疣狀增殖肥厚性斑塊等損害可采用二氧化碳激光燒灼口腔糜爛型扁平苔蘚也可用二氧化碳激光治療但可能復發。
(3)手術治療：對小範圍的潰瘍性損害或有癌變者可行手術切除。
5.中醫療法
(1)風濕蘊阻型： 治法：去風利濕活血通絡。 方藥：止癢合劑加丹參15g雞血藤30g、赤芍10g僵蠶10g。 (2)虛火上炎型： 治法：補益肝腎，滋陰降火 方藥：知柏地黃丸加沙參30g、麥冬10g、元參15g、女貞子10g等藥。口腔糜爛重者加金蓮花金果欖。
單方成藥：風濕蘊阻型可單用秦艽丸等活血通絡藥，也可同時服用除濕丸。虛火上炎型可服用養陰清肺丸
局部治療：中藥可用古月粉10g粉霜神丹10g或雄黃解毒散30g加入百部酒100ml外擦。
壹：活血治蘚方功能主治：活血化瘀，消腫去腐。主治口腔扁平苔蘚、口腔盤狀紅斑狼瘡等口腔斑紋病變。適用於因氣滯血瘀引起的口腔扁平苔蘚。方中丹參、赤芍、雞血藤養血活血；桃仁破瘀散結；郁金行氣理血；川芎調和氣血。諸藥並用，能改善機體血液循環。
二：九味消蘚飲功能主治：健脾祛濕，養陰清熱，補腎。主治糜爛型口腔扁平苔蘚。久病必虛，常傷脾胃腎氣。脾虛濕困，腎虛氣化不利，因而水濕內停，泛於肌表，現為白紋，濕重則潰瘍糜爛，反復發作而又不易收口。
三：雙地苔蘚飲功能主治：功能滋陰養血，疏風潤燥。主治單純型口腔扁平苔蘚。君臣佐使配伍精當，不僅能改善口腔扁平苔蘚局部癥狀，且可調節陰陽，增強臟腑功能，起到改善患者全身狀況的效果。
四：滋陰清毒療法，該療法全程采用中草藥調理成分，通過藥物治療，物理治療，自身保健等方式相結合，徹底解決扁平苔蘚的系統化治療方案。國龍中醫滋陰清毒療法講究中藥調養和食療配合，彌補國內外治療扁平苔蘚的不足，更系統全面根治扁平苔蘚。滋陰補血，通氣潤腸，從而達到通則康健之目的。
五：芩柏消蘚飲：清熱降火，解毒利濕。主治糜爛型口腔扁平苔蘚。適用於胃火上蒸或虛火上炎引起的糜爛型口腔扁平苔蘚。但不宜用於脾胃虛弱者。