辦公室（政策法規科）
負責會議組織、文秘管理、信訪接待、信息傳遞、統計工作、檔案管理、史誌撰寫、新聞發布、日常政務、聯絡接待、保密保衛、老幹部、後勤管理工作。宣傳貫徹藥品監管法律法規；組織行政執法人員法律法規培訓、考核，承擔行政執法證件管理，建立並組織實施、監督檢查行政執法責任制；承擔行政處罰案件的審核把關，主持行政處罰聽證，負責行政復議和應訴工作；負責行政執法情況的調查研究和統計分析工作，提出改進行政執法的意見和建議，建立藥品監管信息庫。
黨辦（紀檢監察室）
負責局機關及直屬事業單位的黨群工作；負責局機關及直屬單位的紀檢、監察工作。
食品安全科
藥品市場監督科
貫徹執行藥品流通法律法規；對藥品批發企業初審，零售企業開辦資格認定審批、審核發放零售企業許可證，進行年度檢驗；監督實施藥品經營企業質量管理規範；實施對藥品分類管理；打擊非法制售假劣藥品行為；落實藥品計劃抽驗和組織實施監督抽驗；監管中藥材、中藥飲片質量；監管特殊藥品的供應和使用工作；對藥品廣告進行備案檢查；對藥品招標采購中介機構的資格初審；負責藥品經營、使用單位的監督檢查。
醫療器械科
監督實施醫療器械管理法規、規章；負責醫療器械生產、經營企業和研制、使用單位的監督管理，打擊制售假劣醫療器械行為；配合省局組織實施醫療器械生產、經營許可證的核發和驗證；核發第壹類醫療器械產品生產註冊證書；對醫療器械廣告進行備案檢查。
藥品安全監管科
監督實施國家基本藥物目錄，處方藥與非處方藥制度；對藥品不良反應進行監測；監督實施藥品生產質量管理規範、醫療單位制劑質量管理規範管理工作；對醫院制劑品種進行初審；配合省局對新藥、仿制藥及研制現場進行考核；配合省局對藥品、醫用氧、中藥飲片、藥包材生產企業、醫院制劑室開辦資格初審和年度檢驗；打擊研制、生產假劣藥品行為；監管特殊藥品及特種器械的生產；配合省局做好藥品研究機構備案工作；指導藥品技術監督工作。
人事教育科
負責機關、直屬單位和派出機構的機構編制、人事管理、勞動工資及幹部管理工作；負責公務員隊伍建設；制定食品藥品監管人員教育培訓計劃並組織實施；協助組織執業藥師考前培訓和執業藥師管理；負責專業技術人員職稱晉升初審申報工作。
財務審計科
執行國家、省有關財務管理的各項法律、法規和規章；對食品藥品監督管理局機關和所屬單位經費、資產實行統壹管理；按照規定編制年度預（決）算；負責機關、所屬單位財務審計管理工作。