雖然中國已經建立了與世界壹致的知識產權法律體系，但知識產權司法保護仍缺乏統壹標準。北京、上海、廣州知識產權法院試點建設取得重大進展，但知識產權侵權案件審判標準和賠償標準不壹致等問題仍未解決。同時，我國還缺乏高素質的專業知識產權法官，行政執法缺乏調查手段和法律懲罰手段，行政與司法的銜接不夠。
第二，供需矛盾是影響約束轉化和應用的根本問題。科技成果不能有效轉化，知識產權不能有效利用。重要原因在於供需矛盾嚴重，這是根本問題。高校和科研機構缺乏原始創新能力，重大科技成果和核心知識產權供給不足以滿足企業需求。企業創新能力也不強，對科技成果和知識產權的需求不足。但主要問題是科技成果和知識產權供給不能滿足市場需求。很多科技成果和知識產權都是國家戰略、規劃、項目、計劃甚至領導批示的產物。
市場需求是科技成果轉化和知識產權應用的根本動力。任何科技成果轉化都要找準市場需求，滿足有效需求。事實上，許多現有的科技成果是通過合作或委托R&D合同轉化的。如德國弗勞恩霍夫研究所的R&D資金85%來自企業，以需求為導向的科技成果轉化是主要的轉化方式。
三是缺乏有效的轉化應用模式，是影響和制約轉化應用的突出問題。機構團隊和能力是推動轉化應用的重要條件。我國高校的科研機構還沒有像發達國家那樣，建立起知識產權管理、技術轉移和投資統壹職能的技術轉移辦公室。知識產權分散是制約轉化應用的突出問題。國外壹些基於技術標準的專利池或專利組合運營企業為企業提供壹攬子許可協議，大大提高了轉化和應用的效率，而國內還沒有專利池或專利組合許可企業。產學研的合作是知識產權轉化和運用的重要途徑，但我國的創新聯盟和技術聯盟並沒有從根本上解決知識產權的有機結合，尤其是專利池或專利組合許可、* *享受和收益分配。信息和風險的不對稱是制約轉化應用的客觀問題，但我國科技中介機構大多是簡單的第三方模式，缺乏有效解決信息和風險不對稱的手段和能力。創業難是制約轉型效率的主要瓶頸。國際經驗證明，知識產權轉化的最佳方式是投資。然而，我國大多數轉化機構缺乏投資功能，投資基金與轉化機構分離，現有法律政策缺乏對科技成果和知識產權創業落地的支持。
第四，缺乏合理的利益分配制度是影響限制性轉化應用的關鍵問題。促進科技成果轉化和知識產權應用，需要對職務發明人及其所在單位進行有效激勵。國外高校科研機構的收益分配政策兼顧了各方積極性，崗位發明人扣除成本後基本可以獲得1/3左右的收益。而我國現有法律法規堅持合同優先原則，未能兼顧各方利益，未規定獎勵上限，導致壹些單位和地方對發明人的獎勵比例偏高，有的地方甚至高達95%，影響了單位轉化科技成果的積極性，不利於組織轉化應用、人才隊伍和能力建設。職務發明人的獎勵和報酬實際上是國有資產的流失。雖然有些法律允許給，但這不符合國有資產管理的初衷。根本原因是沒有基於職務發明人職務和實際貢獻的職務發明權制度。
第五，法律和政策的不完善是制約轉化應用的重要問題。我國關於轉化適用的相關法律在可操作性方面存在壹些不足，如原則性和上位性規定較多，缺乏實施細則，政策語言使用廣泛，缺乏限制和規範性規定。科技法與知識產權法存在交叉和沖突，概念不同，知識產權處置權不壹致，職務成果獎勵比例不壹致。我國缺乏有效促進轉化應用的政策體系，財政投入政策以純粹的方式促進轉化應用會扭曲市場。允許知識產權費納入科研項目經費的政策，也不利於高校科研機構的機構、團隊和能力建設的轉化應用。戰略性新興產業、高新技術產業、知識產權服務業的增值稅稅率，實際上比以前的營業稅稅率要高。高校科研機構技術轉讓收入營業稅起征點過低，非職務成果壹次性個人所得稅稅負過高。缺乏保險和再保險政策來支持轉換和應用。2011自主創新的政府采購政策被放棄後，最重要的需求側創新政策陷入困境。將知識產權作為國有資產，要求保值增值，而忽略了其維護成本和價值時效性。國有資產管理體制中的價值評估和持股存在諸多制度性障礙。簡單化的科技評價導向機制導致大量低質量的知識產權。國家科技計劃往往以知識產權數量作為驗收指標，科技論文數量和知識產權數量成為科研人員職稱晉升和評價的主要指標。
有必要進行壹次綜合改革來改造和利用這壹體制和機制。
第壹，從系統的角度完善科技法律體系。要系統地修改相關法律，法律條文之間不能有重疊、重復和沖突。法律應堅持市場決定原則，規定以市場需求為導向的轉化應用方式，引導發展。規定政府、高校、科研機構和國有企業轉化利用的責任和義務。完善法律規範，強化法律規範和約束功能，增加程序性規定和懲罰性規定，特別是加大對虛假轉移轉化的處罰力度。及時制定法律實施細則，重點解決法律沒有解決的制約科技成果轉化和知識產權運用的突出問題。
二是構建和完善促進轉化應用的政策體系。制度設計促進投資政策的轉化應用，主要通過完善科技成果轉化資金貼息、後期采購等支持方式。要有意識地購買壹批國內外產業的關鍵核心技術並推廣應用。對戰略性新興產業和R&D創意服務業實行低增值稅稅率，提高高校科研機構技術轉讓收入計稅起征點。制定非職務發明人轉化激勵政策。將新產品采購作為政府采購自主創新產品的替代政策，恢復創新產品采購、首套采購和中小企業綠色采購。
三是推動組織、人才隊伍、能力建設的轉化應用。理工科大學和科研機構應當建立內部技術轉移機構，支持整合技術轉移、知識產權管理和投資職能。支持依賴技術標準、專註於專利池或專利組合的企業發展。支持符合條件的科技中介機構開發第三方支付和擔保功能。
四是加大對知識產權創業的支持力度。科技成果轉化引導基金應當加大對風險投資、保險和擔保機構參與轉化應用的支持力度。降低創新引導基金政策門檻，發展專利混合質押貸款模式。制定保險和再保險政策以支持轉換和應用。
五是推動建立合理的科技成果轉化收益分配制度。法律應堅持兼顧契約、平衡各方利益的原則，對做出實質性貢獻的個人、部門和單位建立相應的保障機制。探索建立職務科技成果知識產權制度。
第六，指導和加強產學研合作中的知識產權管理。完善產學研合作政策，明確專利池或專利組合建設中的知識產權申報、許可、收益分配和管理措施。
第七，完善國有資產管理體制。科技成果和知識產權的評估，應允許在壹定範圍內浮動，不視為國有資產流失。主管部門要在備案中檢查是否遵循國內產業或中小企業優先的原則。
第八，完善科技評價體系。改革科技計劃、能力評價、組織認定和人才選拔使用等知識產權評價政策，增加專利實施率、許可合同數量和金額等知識產權質量和轉化應用等指標。
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