“核定收入、超收上繳”實行屬地化管理。地方衛生行政部門會同同級財政部門以省轄市(地區)為單位，確定醫療機構藥品收入的增長幅度並核定各醫院當年藥品收入總額，直轄市由市直接核定。藥品收入總額應根據各地藥品價格和醫療服務價格的變動情況、居民醫療消費水平、經濟發展情況、疾病流行情況、醫院提供的醫療服務量、醫院藥品收入占業務總收入的比重、每門診人次和住院床日的藥品收入變化情況等因素科學確定。醫療機構年度藥品收入超過核定收入總額的部分，要全部上繳當地衛生行政部門，藥品超收款按年度上繳，各級各類醫院不得以任何理由拒繳。
各地衛生行政部門在核定藥品收入總額時，要充分考慮專科醫院和中醫醫院的特點，給予照顧。四、衛生行政部門集中的醫療機構藥品超收收入，全額納入社會保障基金財政專戶，實行收支兩條線管理，不得坐支。藥品超收上繳資金，由衛生行政部門集中實行項目管理，主要用於預防保健、農村衛生和城市社區衛生等工作。
收繳的藥品收入超收款要專項用於衛生事業，衛生行政部門和財政部門要加強對上繳資金的管理，不得抵頂和減少預算撥款，也不得改變資金用途，各地衛生、財政部門要結合當地實際情況制定超收上繳和資金使用的具體辦法。五、醫療機構實行醫藥分開核算、分別管理，是壹項政策性很強的事務性工作，各級衛生行政部門和醫療機構要認真研究有關管理措施，建立壹套完善的管理辦法和制度，切實加強管理，確保在實施過程中不影響醫療業務和醫療事業的健康發展。
醫療機構藥品收入實行“核定收入、超收上繳”暫行辦法從1999年起在縣及縣以上醫療機構執行。各地衛生、財政部門要抓緊時間制定實施細則和辦法，並盡快組織實施。在實施過程中，有什麽問題及時反映給我們。
衛生部
財政部
1999年11月15日