七七事變的槍聲打破了拉貝平靜的生活。1937年8月，日軍開始炮轟南京。拉貝在北戴河度假，他徹夜未歸。他在院子裏為傭人和附近的居民建了壹個防空洞。165438+10月，他和壹些西方人設立了安全區，希望在南京淪陷最危險的時刻，為難民提供壹個避難所。他被提拔為安全區主席，拉貝知道擔子有多重。他說:“有我當主席，我不應該再猶豫了。我人生中最美好的青春，都是在這個國家快樂度過的。我的兒孫都出生在這裏，我的事業也在這裏獲得了成功。我壹直受到中國人民的友好對待。”
安全區內有25個難民收容所，已經聚集了近30萬難民。作為非常時期的“執行市長”，拉貝面對的困難猶如千山萬水。他利用自己的納粹身份與日軍作戰，多次與日本領事館交涉和抗議，阻止日軍肆意入侵和屠殺；他把自己租住的院子定為“西門子”難民收容所，收留了附近600多名居民，包括丁永清、宗友欽、李時珍等，他們都受到拉貝的保護。他在這裏寫下了著名的《拉貝日記》，記錄了500多起日軍暴行的悲劇。他帶領他的委員會成員尋求國際援助，籌集資金，購買食品和藥品，特別是在經歷了艱辛之後，他從上海得到了蠶豆，以防止腳氣病的傳播。難民們向他鞠躬，稱他為活佛。為了表示對拉貝的尊重，麥卡勒姆牧師專門譜曲了壹首《南京難民大合唱》，歌詞幽默中帶著苦澀:早餐我們要蠶豆，午餐我們要蠶豆...
1938年2月，拉貝應西門子總部要求返回德國。他把正在家中養病的中國飛行員王廣漢當作仆人，安全地帶到上海，然後護送到香港。拉貝回到德國後，在柏林馬不停蹄地做了五次報道，義憤填膺地揭露日軍在南京的暴行。他展示了南京紅十字會會長約翰·馬吉牧師拍攝的日軍暴行的影片。他還向希特勒本人發送了壹份暴行報告，希望德國迅速出面制止其盟友日本仍在犯下的不人道暴行。因此，他受到了蓋世太保的迫害。二戰後，拉貝因其納粹身份受到不公正待遇。在他最消沈的日子裏，在家人餓死的絕境中，南京的鄉親們沒有拋棄他！來自南京的捐贈，食品包裹仿佛從天而降，讓他重新燃起了生活的勇氣。晚年，拉貝被南京的鄉愁所困擾。1950年，拉貝在柏林中風去世。
拉貝的墓碑上，描繪了壹幅具有中國傳統文化內涵的八卦圖。在遠在美國的壹個墓地裏，壹塊墓碑上還刻著中國的建築圖案和“金陵永生”幾個大字，這裏安葬著金陵女子大學的vautrin女士。這位在中國救了無數婦孺的美國人，在生命的最後壹刻說:“如果有來生，她依然會為中國服務。”
素有“南京的辛德勒”之稱的南京市政府將自己居住的小粉橋1建成“拉貝故居”。