（2006年3月27日農業部令第62號公布，2013年12月31日農業部令第5號、2014年4月25日農業部令第3號、2015年4月29日農業部令第1號修訂）
第壹章 總則
第壹條 為加強食用菌菌種管理，規範食用菌生產經營行為，保障人民群眾身體健康，根據《中華人民共和國食品安全法》等法律法規，制定本辦法。2015年4月29日農業部令第1號）
第壹章 總則
第壹條 為了保護和合理利用食用菌種質資源，規範食用菌品種選育以及食用菌菌種（以下簡稱菌種）的生產、經營、使用和管理，根據《中華人民***國種子法》，制定本辦法。第二條 在中華人民***和國境內從事食用菌品種選育以及菌種生產、經營、使用和管理等活動，應當遵守本辦法。本辦法第三條所稱菌種是指食用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。菌種分為親本種（壹級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三個等級。第四條 農業部主管全國菌種工作。縣級以上地方人民政府農業（食用菌，下同）主管部門負責本行政區域內的菌種管理工作。第五條 縣級以上地方人民政府農業行政主管部門應當加強食用菌種質資源保護和良種選育、生產、更新、推廣工作，鼓勵選育、生產、經營相結合。
第二章 種質資源保護和品種選育
第六條 國家保護食用菌種質資源，任何單位和個人不得侵占和破壞。
第七條 禁止采集國家保護的天然食用菌種質資源。確因科學研究等特殊情況需要采集的，應當依法辦理采集手續。第八條 任何單位或者個人向國外提供食用菌種質資源（包括菌絲體的栽培基質和用於分離基質的菌種），應當報農業部批準。第九條 從國外引進菌種的，應當依法進行檢疫，並在引進後30日內，將適量菌種送中國農業微生物菌種保藏管理中心進行保藏。第十條 國家鼓勵和支持單位和個人從事食用菌品種選育和開發，鼓勵科研單位和企業結合選育新品種，引導企業投資選育新品種。選育新品種可以申請植物新品種權，國家保護品種權人的合法權益。第十壹條 食用菌新品種的選育（引進）可以自願向全國農業技術推廣服務中心申請品種認定。全國農業技術推廣服務中心設立食用菌品種認定委員會，承擔品種認定的技術鑒定工作。第十二條 食用菌品種認定應當規範。具體命名規則由農業部另行制定。
第三章 生產經營菌種
第十三條 從事菌種生產經營的單位和個人，應當取得《食用菌菌種生產經營許可證》。僅從事栽培種經營的單位和個人，可以不辦理《食用菌菌種生產經營許可證》，但經營者應當具備菌種知識，具有相應的菌種貯藏設備和場所，並報縣級人民政府農業行政主管部門備案。第十四條 母種和原種的《食用菌菌種生產經營許可證》，由縣級人民政府農業行政主管部門審核，省級人民政府農業行政主管部門核發，報農業部備案。栽培種的《食用菌菌種生產經營許可證》由縣級人民政府農業行政主管部門核發，報省人民政府農業行政主管部門備案。第十五條 申請母種和原種《食用菌菌種生產經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：(壹）生產經營母種的註冊資金在100萬元以上，生產經營原種的註冊資金在50萬元以上； （二）經省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗人員1名以上，生產技術人員2名以上； （三）具有相應的消毒 三）具有相應的消毒、接種、培養、貯藏等設備和場所，具有相應的質量檢驗儀器和設施。生產母種還應具備制菇檢驗所需的設備和場所。(四）生產場所的環境衛生等條件應當符合農業部《食用菌菌種生產技術規程》的要求。第十六條 申請種植品種《食用菌菌種生產經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：(壹）註冊資金10萬元以上； （二）經省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗員1名以上，生產技術人員1名以上； （三）有必要的滅菌、接種、栽培、貯藏等設備和場所，有必要的質量檢驗儀器和設施； （四）栽培母種還應當有必要的出菇檢驗設備和場所。(四）栽培種生產場所的環境衛生等條件符合農業部《食用菌菌種生產技術規程》的要求。第十七條 申請《食用菌菌種生產經營許可證》應當向縣級人民政府農業行政主管部門提交下列材料：(壹）食用菌菌種生產經營許可證申請表；（二）營業執照副本；（三）菌種檢驗員、生產技術人員資格證書；（四）儀器設備設施清單及產權證明，主要儀器設備照片；（五）菌種（五）生產經營照片及產權證明；（六）菌種特性；（七）菌種生產經營質量保證體系。申請母本品種生產經營許可證授權品種的，還應當提供育種者（品種權人）授權的書面證明。第十八條 縣級人民政府農業行政主管部門受理母本品種和原良種生產經營許可申請後，可以組織專家進行現場查驗，但應當自受理申請之日起20日內簽署審查意見並報省人民政府農業行政主管部門審批。省人民政府農業行政主管部門應當自收到審批意見之日起20日內完成審批。符合條件的，頒發生產經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人並說明理由。縣級人民政府農業行政主管部門受理培育品種生產經營許可申請後，可以組織專家進行現場檢查，但應當自受理申請之日起20日內作出審批意見。符合條件的，核發生產經營許可證；不符合條件的，應當書面通知申請人並說明理由。第十九條菌種生產經營許可證有效期為三年。有效期滿後需要繼續生產經營的，被許可人應當在期滿2個月前，持原許可證按照原申請程序重新申請許可。在菌種生產經營許可證有效期內，許可證載明的項目發生變更的，被許可人應當向原審批機關申請變更，並提供相應的證明材料。第二十條 菌種按級別生產，下壹級菌種只能用上壹級菌種生產，已培育的菌種不得再用於菌種擴繁。取得上壹級菌種生產經營許可證的單位和個人，可以從事下壹級菌種的生產經營。第二十壹條 嚴禁無證或不按許可證規定生產經營菌種；嚴禁偽造、塗改、買賣、出租《食用菌菌種生產經營許可證》。第二十二條 菌種生產單位和個人應當按照農業部《食用菌菌種生產技術規程》生產，並建立菌種生產檔案，載明生產地點、時間、數量、培養基配方、培養條件、菌種來源、操作人員、技術負責人、檢驗記錄、菌種流向等內容。生產檔案應保存至菌種銷售後 2 年。第二十三條 菌種經營單位和個人應當建立菌種經營檔案，載明菌種來源、儲存時間和條件、銷售去向、運輸方式、經手人等內容。經營記錄應當保存至菌種銷售後 2 年。第二十四條 銷售菌種應當附有標簽和菌種質量合格證明。標簽應當標明菌種的種類、品種、級別、接種日期、貯藏條件、保質期、菌種生產經營許可證編號、執行標準以及生產者名稱、生產場所等內容。標簽內容應與菌種銷售壹致。菌種經營者應當向購買者提供菌種的品種介紹、栽培要點及相關咨詢服務，並對菌種質量負責。
第四章 菌種質量
第二十五條 農業部負責制定全國菌種質量監督抽查計劃和本級監督抽查計劃，縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責本行政區域內的菌種質量監督工作，根據國家計劃和本地實際情況制定本地的監督抽查計劃。菌種質量監督抽查不得向被抽查人收取費用。禁止重復抽檢。第二十六條 縣級以上人民政府農業行政主管部門可以委托菌種質量檢驗機構對菌種質量進行檢驗。承擔菌種質量檢驗的機構應當具備相應的檢驗條件和能力，並經省人民政府有關主管部門考核合格。第二十七條 菌種質量檢驗機構應當配備菌種檢驗員。菌種檢驗員應當具備下列條件：（壹）具有相關專業大專以上文化程度或者具有中級以上專業技術職稱；（二）從事菌種檢驗技術工作3年以上；（三）經省人民政府農業行政主管部門考核合格。第二十八條 禁止生產經營假劣菌種。有下列情形之壹的，為假劣菌種：（壹）以非菌種冒充菌種的；（二）菌種類型、品種、等級與標註內容不符的。有下列情形之壹的，為劣質菌種：（壹）質量低於種子國家標準的；（二）質量低於標簽標註指標的；（三）菌種過期、變質的。
第五章 進出口管理
第二十九條 進出口菌種的單位，除取得菌種生產經營許可證外，還應當依照國家對外貿易法律、行政法規的規定取得從事菌種進出口貿易的資格。第三十條 申請進出口菌種的單位和個人，應當填寫《進（出）口菌種審批表》，經省人民政府農業行政主管部門批準後，依法辦理進出口手續。菌種進出口審批表》有效期為三個月。第三十壹條 進出口菌種應當符合下列條件： （壹）屬於國家允許進出口的種質資源； (二)菌種質量符合國家標準或者行業標準； （三）菌種名稱、品種、株數、產地等有關證明真實、齊全； （四）法律、法規規定的其他條件。第三十二條 申請進出口菌種的單位和個人應當提交下列材料：（壹）《食用菌菌種生產經營許可證》副本復印件、營業執照復印件和進出口貿易資格證書復印件；（二）食用菌品種說明；（三）符合本辦法第三十壹條規定條件的其他證明材料。第三十三條 用於境外生產的進口菌種，可以不受本辦法第二十九條的限制，但應當具有境外種子生產合同。進口菌種只能用於種子生產，其產品不得在國內銷售。從國外引進的試驗品系和擴繁品系不得作為商品品系銷售。
第六章 附 則
第三十四條 違反本辦法規定的，依照《中華人民****、國家種子法》的有關規定予以處罰。第三十五條 本辦法所稱菌種是指食用菌菌種特性的簡稱，包括溫度、濕度、酸堿度、光照、氧氣等環境條件、抗逆性、生產力、出菇早晚、出菇潮數、栽培周期、商品質量和栽培習性等農藝性狀。第三十六條 野生食用菌菌種的采集和進出口管理，按照《農業野生植物保護辦法》的規定和有關審批程序辦理。第三十七條 本辦法自2006年6月1日起施行。1996年7月1日農業部發布的《全國食用菌菌種管理暫行辦法》（農農發〔1996〕6號）同時廢止，按照《全國食用菌菌種管理暫行辦法》領取的菌種生產經營許可證自有效期屆滿之日起失效。