根據上述職責，市食品藥品監督管理局設10個職能處室：
（壹）辦公室
組織協調局機關日常工作；擬訂工作制度、工作計劃並監督實施；負責綜合性文稿的起草工作；負責局機關文電、會務、檔案、機要、安全保密、應急管理、信息宣傳、政務公開、信訪、統計、目標績效考核、督查督辦、提案建議辦復、對外聯絡和行政後勤服務等工作。
（二）餐飲服務食品監管處（掛行政審批辦公室牌子）
負責餐飲服務環節食品安全監督管理工作；組織實施餐飲服務食品安全管理規範；組織開展餐飲服務食品安全狀況調查和監測工作；調查處理餐飲服務環節食品安全事故；指導協調重大活動餐飲食品安全保障工作；統壹承擔本部門行政許可和非行政許可審批事項的辦理工作。
（三）保健食品化妝品監管處
負責保健食品、化妝品衛生監督管理工作；組織實施保健食品、化妝品衛生標準和技術規範；組織開展保健食品、化妝品安全狀況調查和監測工作。
（四）藥品管理處
負責藥品使用環節的監督管理工作；組織實施藥品使用質量管理規範；監督實施醫療機構制劑標準、中藥飲片炮制規範和藥品、輔料、直接接觸藥品的包裝材料和容器標準；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範；組織實施中藥品種保護制度。
（五）藥品安全監管處
負責藥品生產（配制）環節的監督管理工作；組織實施藥品生產和醫療機構制劑配制質量管理規範；承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品、藥品類易制毒化學品等特殊藥品的監督管理工作；組織開展藥品不良反應監測。
（六）藥品市場監管處
負責藥品流通環節的監督管理工作；組織實施藥品經營質量管理規範和流通環節藥品分類管理制度；承擔中藥材專業市場的監督管理工作；承擔互聯網藥品交易行為的監督管理工作；參與實施國家基本藥物制度。
（七）醫療器械監管處
組織實施醫療器械生產、經營、質量管理規範和標準；組織開展醫療器械不良事件監測和再評價工作。
（八）人事處
負責局機關和所屬單位的人事管理、機構編制、人才隊伍建設等工作；負責局機關並指導所屬單位的離退休人員管理服務工作；監督實施執業藥師資格制度，組織開展食品藥品監督管理相對人資格培訓和管理工作。
（九）規劃財務處
組織編制局機關財務預、決算；負責局機關財務、會計業務事項及財務管理工作；擬訂食品藥品監督管理和建設規劃並組織實施；承擔食品藥品抽樣檢驗專項經費的管理工作；負責局機關的國有資產管理工作，指導所屬單位的國有資產管理工作；負責所屬單位的內部審計和監督管理工作。
（十）政策法規處
擬訂藥品、醫療器械、保健食品、化妝品和餐飲服務環節食品安全監督管理綜合規劃和地方性法規、規章草案；審核其他法規、規章和政策草案中與本局職責有關的條款；承擔局機關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議、行政應訴工作。
按規定設置機關黨委。