維持微生態平衡和腸道功能
乳酸菌在腸道內通過代謝產生乳酸，可以抑制有害菌的生長繁殖，維持腸道內的生態平衡和腸道的正常功能，刺激腸道蠕動，增加糞便中的水分，潤腸通便。這個功能正好符合清除腸道垃圾的需要，對潰瘍、痢疾、腹瀉、便秘也有顯著的治療作用。
抗生素作用
乳酸菌具有抗菌作用，能抑制腐敗菌，如李斯特菌、葡萄球菌和明串珠菌，抑制和消除革蘭氏陰性菌、過氧化氫酶陽性細菌、大腸桿菌和沙門氏菌。
改善肝功能
乳酸菌可以改善肝功能。原因是乳酸菌抑制腐敗菌，使肝臟減輕解毒的沈重負荷。此外，由於PH值可以降低，氨可以變成不容易被吸收的離子狀態。
減少膽固醇吸收
乳酸菌可以減少膽固醇在腸道的吸收，將部分膽固醇轉化為膽酸鹽並排出體外。
增強免疫功能和抗腫瘤疾病
乳酸菌可以增強免疫功能，抗腫瘤。這是因為乳酸菌對腸道中致癌的亞硝胺有98%的吸收率，可以減少腸癌的發生。乳酸菌還能刺激腸黏膜淋巴結，增強免疫細胞和巨噬細胞的活性，為致病菌的入侵和繁殖設置屏障。
乳糖不耐受的預防和治療
乳酸菌預防和治療有色人種常見的乳糖不耐癥(喝鮮奶時出現腹脹、腹瀉等癥狀)。
促進營養的吸收
乳酸菌能促進蛋白質、單糖、鈣、鎂等營養物質的吸收，並產生大量維生素B群等有益物質。
降低血脂和血壓
乳酸菌能抑制膽固醇吸收，降低血脂和血壓。
抗衰老和長壽
乳酸菌能提高SOD活性，消除人體自由基，具有抗衰老、延年益壽的功效。