1.概念不同：甲類藥品是符合基礎藥品範圍，臨床治療上必需、應用廣泛、的藥物，乙類藥品是指超出基本藥品範圍，臨床治療上療效更好的種類，其余不在甲類、乙類目錄的藥品都屬於丙類。
2.報銷比例不同：甲類是醫保100%報銷;乙類是醫保部分報銷、部分自費。丙類屬於完全自費藥品。
3.價格不同：甲類藥品統壹制定，其價格是比較低的，乙類的價格各地可以進行調整，比甲類所需要的價格是會更高壹些;而丙類就不屬於統壹制定的，所以其價格水平差別較大，其中有些特效藥費用會高出很多。
甲類藥，是指由國家統壹制定的、臨床治療必需，使用廣泛，療效好，同類藥物中價格低的藥物，使用這類藥物所發生的費用100%納入基本醫療保險基金給付範圍，按基本醫療保險辦法的規定支付費用；乙類藥，可供臨床治療選擇使用、療效好、同類藥品中比“甲類目錄”藥品價格較高的藥品，需要自付壹定比例後再報銷，所以參保人使用乙類藥品時，會多出壹些錢。丙類藥，不在醫保藥品目錄的藥品屬於自費藥，也被叫作丙類藥品，如保健品類，新型特效藥等，都是需要全部自費的。
法律依據
《城鎮職工基本醫療保險用藥範圍管理暫行辦法》
第八條基本醫療保險參保人員使用《藥品目錄》中的藥品，所發生的費用按以在下原則支付。
使用“甲類目錄”的藥品所發生的費用，按基本醫療保險的規定支付。使用“乙類目錄”的藥品所發生的費用，先由參保人員自付壹定比例，再按基本醫療保險的規定支付。個人自付的具體比例，由統籌地區規定，報省、自治區、直轄市勞動保障行政部門備案。
使用中藥飲片所發生的費用，除基本醫療保險基金不予支付的藥品外，均按基本醫療保險的規定支付。
第二十五條 參保人使用“甲類藥品”按基本醫療保險規定的支付標準及分擔辦法支付；使用“乙類藥品”按基本醫療保險規定的支付標準，先由參保人自付壹定比例後，再按基本醫療保險規定的分擔辦法支付。 “乙類藥品”個人先行自付的比例由省級或統籌地區醫療保障行政部門確定。