藥品中造成微生物汙染的種類，主要決定於制劑原材料及生產環境等，具體如下：
1、原輔料：
原輔料中含動物臟器的藥品往往會有革蘭氏陰性菌和革蘭氏陽性菌，並有可能帶有沙門氏菌、葡萄球菌等；植物原料，往往會帶真菌，如曲黴、青黴、鏈孢黴、酵母菌等，並可能帶有土壤中的各種細菌。化學合成的原料則含菌量相對較少。
2、生產用水：
水也是藥品中微生物汙染的重要來源。因除了在配置各類制劑本身需要外，在洗滌及冷卻過程均涉及不同的水。水中微生物數量主要由水的來源、處理方法、供水系統狀況等決定。每個國家的藥典均對藥劑的用水品質及規格做了相應規定。
3、設備：
設備如維修、保養不及時，生產結束後不進行清洗消毒，可能會帶來微生物滯留滋生。如藥廠的高壓滅菌鍋安裝不當，導致排氣不暢、上下溫度不均勻造成滅菌不徹底，可能會造成不可控的損失。
4、環境：
空氣中含各種微生物，種類和數量因環境不同而有很大變化。 環境中有活動的人，含菌量就增多；濕度較高時，可促使環境中顆粒沈降，含菌量隨之下降，但高濕度可助長真菌生長；在空氣最常見的微生物，常是壹些抵抗力強且耐幹燥的細菌、黴菌及酵母菌。由於空氣中含有數量不等的微生物，尤其是通風不良、塵埃多的不良環境，在生產藥物制劑時，空氣中微生物可能進入原料中，而使藥物制劑發生汙染，汙染的程度與空氣中的含菌量有關。
5、包裝材料：
藥品需要良好的包裝，在保存期內免受微生物汙染。各種包裝容器如玻璃、塑料、紙制品在使用前都必須徹底消毒，消毒後存放條件也需符合衛生標準。成品放置時間不宜過長。
6、人員：
在生產過程中，人體的正常微生物亦可隨之進入藥品中，因此，人是藥物生產過程中最大的汙染源之壹。做好消毒工作很有必要，據報告，潔凈室中人員手臂、頭輕微動作，每分鐘可產生0.3-1.0 μm 的微粒50萬個。穿白大褂，人的發塵量為普通工作服的24%，而穿連體工作服的發塵量為普通工作服的3%。
無菌藥品的滅菌標準要實現除去或殺滅藥品中的芽孢以及微生物繁殖體，從而保證藥物制劑本身的安全性，也必須同時保證藥品的穩定性及其臨床的治療效果，因此，滅菌以能否殺滅細菌芽孢為標準，即孢子滅菌劑，在國內又常稱為殺孢子劑。
制藥廠無菌藥品的生產車間消毒相對嚴格，在核心區不但要殺滅細菌、真菌還要殺滅頑抗性強的芽孢、真菌孢子等。對於壹般的低效、中效消毒劑無法將芽孢殺滅， 由於芽孢具有很強的抗性，目前專業領域內殺孢子劑，國際上通用慣例選用：
（1）復合型過氧化氫（過氧化氫+銀離子）；
（2）復合型過氧乙酸（過氧乙酸+過氧化氫）；
法律依據：
《病原微生物實驗室生物安全環境管理辦法》 第二條 本辦法適用於中華人民***和國境內的實驗室及其從事實驗活動的生物安全環境管理。
本辦法所稱的病原微生物，是指能夠使人或者動物致病的微生物。
本辦法所稱的實驗活動，是指實驗室從事與病原微生物菌（毒）種、樣品有關的研究、教學、檢測、診斷等活動。
第三條 國家根據實驗室對病原微生物的生物安全防護水平，並依照實驗室生物安全國家標準的規定，將實驗室分為壹級、二級、三級和四級。
壹級、二級實驗室不得從事高致病性病原微生物實驗活動。
第四條 國家環境保護總局制定並頒布實驗室汙染控制標準、環境管理技術規範和環境監督檢查制度。
第五條 國家環境保護總局設立病原微生物實驗室生物安全環境管理專家委員會。專家委員會主要由環境保護、病原微生物以及實驗室管理方面的專家組成。
病原微生物實驗室生物安全環境管理專家委員會的主要職責是：審議有關實驗室汙染控制標準和環境管理技術規範，提出審議建議；審查有關實驗室環境影響評價文件，提出審查建議。
第六條 新建、改建、擴建實驗室，應當按照國家環境保護規定，執行環境影響評價制度。
實驗室環境影響評價文件應當對病原微生物實驗活動對環境可能造成的影響進行分析和預測，並提出預防和控制措施。
第七條 新建、改建、擴建三級、四級實驗室或者生產、進口移動式三級、四級實驗室，應當編制環境影響報告書，並按照規定程序報國家環境保護總局審批。
承擔三級、四級實驗室環境影響評價工作的環境影響評價機構，應當具備甲級評價資質和相應的評價範圍。
第八條 實驗室應當按照國家環境保護規定、經審批的環境影響評價文件以及環境保護行政主管部門批復文件的要求，安裝或者配備汙染防治設施、設備。
汙染防治設施、設備必須經環境保護行政主管部門驗收合格後，實驗室方可投入運行或者使用。