(1)辦公室
綜合協調局機關及直屬單位行政事務，制定局機關內部管理制度，負責文電、會議、機要文件、檔案等機關日常運行；負責起草重要文件和報告；承辦宣傳、統計、保密、接待、信訪、安全、提案辦理、信息化建設、政務公開、計劃生育、後勤服務等工作。
(2)規劃和財務科(審計科)
擬定全市衛生事業發展總體規劃，指導區域衛生規劃；統籌協調全市衛生資源配置，管理大型醫用設備配置；研究提出醫療服務價格建議，會同有關部門組織監督檢查；貫徹執行國家醫療設備管理辦法和標準；組織實施藥品和醫療器械采購的相關規範，負責全市衛生財務管理、衛生信息統計和年報匯總；負責管理全市衛生專項資金；負責對金融機構和直屬單位的計劃、財務、基建和國有資產的監督管理；協調利用國外貸款；對行業協會實施業務指導。
(3)疾病預防控制司(艾滋病防治司)
制定並組織實施傳染病、地方病和慢性非傳染性疾病的防治規劃；組織重大傳染病和地方病的綜合防治；組織實施國家計劃免疫工作；組織調度救災防病工作，預防和控制疾病的發生和蔓延；承擔傳染病疫情信息法定報告的指導工作。負責制定全市艾滋病防治規劃和措施；組織開展艾滋病、性病預防宣傳教育和幹預等防治工作；開展艾滋病和性病的流行病學調查、監測、跟蹤、護理和治療以及實驗室管理；對艾滋病防治工作進行監督檢查，對相關部門承擔的艾滋病防治工作進行評估和監督；承擔市艾滋病防治委員會辦公室的日常工作。
(4)衛生應急辦公室
負責制定衛生應急和緊急醫療救援預案、制度、方案和措施；指導突發公共衛生事件的預防與準備、監測與預警、救治與救援、分析與評估等衛生應急活動；組織和指導實施突發公共衛生事件和其他突發事件的預防控制和緊急醫療救援；組織實施預防和控制突發急性傳染病的應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處理信息。
(5)初級保健和婦幼保健科
擬訂農村衛生工作的發展規劃和相關政策措施；組織實施全市農村衛生服務體系建設；指導鄉村醫生管理，監督農村衛生政策落實，開展農村衛生人員專業技術培訓；負責協調基層衛生人員的服務工作；擬定全市婦幼衛生和社區衛生的政策措施、發展規劃、標準和規範並組織實施；監督管理婦幼保健工作，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作；推進社區衛生服務體系建設；開展婦幼保健和社區衛生專業人員技術培訓。
(6)醫學和政治學
制定並組織實施醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務的相關政策、規範和標準，組織實施醫療機構和醫務人員的專業標準和服務規範；指導醫院藥學、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；負責醫療機構醫療服務監管，建立醫療機構醫療質量評價和監管制度，組織對醫療質量、安全、服務、財務等進行監督評價；建立健全以公益性為核心的公立醫院監管體系，承擔公立醫院管理體制改革；負責醫療糾紛的調解和處理；負責嶽陽市參加全國醫師資格考試的考試工作。
(七)中醫藥管理部門
貫徹執行黨和國家關於衛生工作和中醫藥工作的方針、政策、法律、法規；制定並組織實施全市中醫藥發展規劃和年度計劃；監督和指導中醫醫療、預防、保健、康復、護理和臨床用藥工作；根據國家有關規定，審核和認可中醫藥行業的中醫和中藥從業人員資格；審批、頒發中醫醫療機構執業許可證並實施監督管理；參與制定全市基本藥物目錄；負責中醫醫療機構醫療廣告的審查；制定並組織實施全市中醫藥科技發展規劃和教育發展規劃；擬訂全市中醫藥行業的各項管理規範和技術標準；負責全市中醫藥行業的統計信息工作。
㈧藥物政策和基本藥物系統司
落實國家基本藥物制度政策；制定全市實施國家基本藥物采購、配送和使用的政策措施；制定全市公立醫療機構實施藥品網上集中采購的政策措施；制定和實施醫藥衛生體制改革的各項政策和配套措施，並組織實施和監督。
(9)科技教育科
擬定全市醫藥衛生科技發展規劃和年度計劃；組織協調重點醫學科學研究和醫學科技成果的推廣應用；組織協調醫療衛生技術推廣和科學普及工作；承擔醫療衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織和指導衛生專業技術崗位培訓，承擔繼續醫學教育和畢業後醫學教育的組織工作。
(十)幹部保健科(離退休人員管理服務部)
負責組織實施中央衛生保健工作的方針、政策和計劃；負責協調幹部保健基地的規範化建設和管理；承擔市級保健對象的醫療保健工作和重要外賓的醫療安排；承擔重要會議和活動的醫療衛生保障工作；負責機關退休人員的管理和服務，指導直屬單位退休人員的管理和服務。
(十壹)政策法規與監督處(行政審批處)
指導和規範衛生行政執法工作；按職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共場所和飲用水的衛生監督管理；負責傳染病的預防和控制；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；監督重大醫療衛生違法行為。起草地方衛生法律、法規和衛生政策；負責局機關相關規範性文件的合法性審核；承辦相關的行政復議和行政訴訟。根據授權，統壹受理、承辦和組織本單位(系統)所有行政許可、年檢、行政服務和行政事業性收費。
(十二)人事科
擬訂局機關和直屬單位人事管理制度，負責局機關和直屬單位的組織、人事、機構編制、勞動和社會保障工作；負責制定全市衛生人才發展規劃和政策並指導實施；組織衛生專業技術人員的崗位資格考試；負責全市及省、國家衛生系統表彰的組織和推薦工作；協調直屬單位法定代表人經濟責任離任審計。
(十三)機關黨委負責機關及所屬事業單位的黨群工作。
(十四)紀檢(監察)機構符合有關規定。