特殊化妝品註冊流程：
1、生產衛生條件審核：
（1）準備衛生條件審核資料，包括申請表、配方表、生產工藝說明及簡圖、生產許可證、抽樣申請表，有委托生產關系的還應提供委托生產協議。(此處配方表必須在申報系統中填寫，可帶條形碼打印配方表）；
（2）衛生條件審核資料經企業蓋章簽字後，送當地省局申請復核。(可能產生的審核費用，需按照當地省局規定支付）；
（3）省級審核完成後，調取省局已確認的衛生條件審核資料，等待封樣；
（4）封樣完成後，即可進入檢測階段。
2、產品檢驗：
（1）到備案企業審核配方、產品包裝，準備檢驗資料，送cfda認可的檢驗機構檢驗；
（2）檢驗機構檢驗，需要4-6個月（檢驗不合格，更換樣品重新檢驗，檢驗費用需另行支付）；
（3）取得合格的檢驗報告
（4）
下壹階段就是準備申報資料了。
3、審批流程：
（1）整理、完善申報資料，報送cfda受理中心；
（2）資料通過形式審查，cfda受理中心出具受理通知書（需5個工作日）；
（3）化妝品審評中心審查（需40個工作日）；
（4）需要補充或修改材料的，cfda出具補正意見，需要補正的上小會（需90個工作日）；
（5）國家食品許可司化妝品處再次審查（需20個工作日）；
（6）制證、發證（需10個工作日）。
法律依據：《化妝品監督管理條例》第十九條
申請特殊化妝品註冊或者普通化妝品備案，應當提交下列資料：
（壹）申請註冊、備案的申請人名稱、地址、聯系方式；
（二）生產企業名稱、地址、聯系方式；
（三）產品名稱；
（四）產品配方或產品全成分；
（五）產品執行標準情況；
（六）產品標簽樣本；
（七）產品檢驗報告；
（八）產品安全評價資料。
註冊申請人首次申請特殊化妝品註冊或者首次辦理普通化妝品備案的，應當提交符合本條例第十八條規定條件的證明資料。申請進口特殊化妝品註冊或者進口普通化妝品備案的，應當同時提交產品在生產國（地區）已上市銷售的證明文件和境外生產企業符合化妝品生產質量管理規範的證明文件；專用於向我國出口生產的，可以不提交產品在生產國（地區）已上市銷售的證明文件，應當提交針對我國消費者開展的相關研究和實驗的證明文件。
註冊申請人，應對其提交的申報資料的真實性、科學性負責。