1、藥店向醫保行政部門提出申請；
2、審核評估：醫保行政部門通過審核書面材料和實地察看等方式，對申報的零售藥店進行評估；
3、結果公示：評估結果在各醫療保障局官網、微信公眾號公示；
4、協議簽訂：醫保經辦機構與新增定點零售藥店簽訂服務協議。
藥店醫保申請條件：
1、醫保管理制度要求，包括配備相應醫保管理人員等；
2、醫保有關財務制度要求。真實記錄醫保目錄的藥品、耗材的“進銷存”情況；
3、完善統計信息管理，按要求報送醫保結算有關信息及數據等；
4、與醫保信息系統有效對接，為參保人提供直接聯網結算。設立醫保藥品、診療項目、醫療服務設施、醫用耗材、疾病病種等基礎數據庫，按規定使用國家統壹的醫保編碼；
5、嚴格執行醫保藥品、耗材、醫療服務項目等目錄，控制患者自費比例，提高醫保基金使用效率等。
醫保卡首次激活的辦法有兩種：
1、定點藥店激活：持卡人可以攜帶醫保卡到藥店，按要求先插入醫保卡，輸入原始六位密碼（身份證後六位），然後按提示修改密碼，修改完成後即可激活；
2、在合作銀行網點激活：持卡人可以攜帶身份證、醫保卡等，前往當地醫保卡合作銀行營業廳網點，在櫃臺人員的幫助下，辦理開卡手續，設置醫保卡密碼後，即可成功激活。
綜上所述，藥店申請開通醫保卡提供所需資料後，交當地醫保處備案審批資格，安裝醫保機後使用。具體正規程序以當地醫保處為主。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。