“機構與人員”壹章明確將質量受權人與企業負責人、生產管理負責人、質量管理負責人壹並列為藥品生產企業的關鍵人員，並從學歷、技術職稱、工作經驗等方面提高了對關鍵人員的資質要求。比如，對生產管理負責人和質量管理負責人的學歷要求由現行的大專以上提高到本科以上，規定需要具備的相關管理經驗並明確了關鍵人員的職責。
二是明確要求企業建立藥品質量管理體系。
質量管理體系是為實現質量管理目標、有效開展質量管理活動而建立的，是由組織機構、職責、程序、活動和資源等構成的完整系統。新版藥品GMP在“總則”中增加了對企業建立質量管理體系的要求，以保證藥品GMP的有效執行。
三是細化了對操作規程、生產記錄等文件管理的要求。
為規範文件體系的管理，增加指導性和可操作性，新版藥品GMP分門別類對主要文件（如質量標準、生產工藝規程、批生產和批包裝記錄等）的編寫、復制以及發放提出了具體要求。
第二，提高了部分硬件要求。
壹是調整了無菌制劑生產環境的潔凈度要求。
1998年修訂的藥品GMP，在無菌藥品生產環境潔凈度標準方面與WHO標準（1992年修訂）存在壹定的差距，藥品生產環境的無菌要求無法得到有效保障。為確保無菌藥品的質量安全，新版藥品GMP在無菌藥品附錄中采用了WHO和歐盟最新的A、B、C、D分級標準，對無菌藥品生產的潔凈度級別提出了具體要求；增加了在線監測的要求，特別對生產環境中的懸浮微粒的靜態、動態監測，對生產環境中的微生物和表面微生物的監測都做出了詳細的規定。
二是增加了對設備設施的要求。
對廠房設施分生產區、倉儲區、質量控制區和輔助區分別提出設計和布局的要求，對設備的設計和安裝、維護和維修、使用、清潔及狀態標識、校準等幾個方面也都做出具體規定。這樣無論是新建企業設計廠房還是現有企業改造車間，都應當考慮廠房布局的合理性和設備設施的匹配性。
第三，圍繞質量風險管理增設了壹系列新制度。
質量風險管理是美國FDA和歐盟都在推動和實施的壹種全新理念，新版藥品GMP引入了質量風險管理的概念，並相應增加了壹系列新制度，如：供應商的審計和批準、變更控制、偏差管理、超標（OOS）調查、糾正和預防措施（CAPA）、持續穩定性考察計劃、產品質量回顧分析等。這些制度分別從原輔料采購、生產工藝變更、操作中的偏差處理、發現問題的調查和糾正、上市後藥品質量的持續監控等方面，對各個環節可能出現的風險進行管理和控制，促使生產企業建立相應的制度，及時發現影響藥品質量的不安全因素，主動防範質量事故的發生。
第四，強調了與藥品註冊和藥品召回等其他監管環節的有效銜接。
藥品的生產質量管理過程是對註冊審批要求的貫徹和體現。新版藥品GMP在多個章節中都強調了生產要求與註冊審批要求的壹致性。如：企業必須按註冊批準的處方和工藝進行生產，按註冊批準的質量標準和檢驗方法進行檢驗，采用註冊批準的原輔料和與藥品直接接觸的包裝材料的質量標準，其來源也必須與註冊批準壹致，只有符合註冊批準各項要求的藥品才可放行銷售等。
新版藥品GMP還註重了與《藥品召回管理辦法》的銜接，規定企業應當召回存在安全隱患的已上市藥品，同時細化了召回的管理規定，要求企業建立產品召回系統，指定專人負責執行召回及協調相關工作，制定書面的召回處理操作規程等。