潔凈區與非潔凈區之間、不同等級潔凈區之間的壓差應不低於10帕斯卡,相同潔凈度等級不同功能的操作間之間應保持適當的壓差梯度,以防止汙染和交叉汙染。——中國新版GMP。
相部潔凈區房間之間的壓差應為12.5帕斯卡——FDA。
壓力差的維持壹般應符合以下原則：
1、潔凈空間的壓力要高於非潔凈空間的壓力。
2、潔凈度級別高的空間的壓力要高於相鄰的潔凈度級別低的空間的壓力。
工業潔凈室：以無生命微粒的控制為對象。主要控制空氣塵埃微粒對工作對象的汙染，內部壹般保持正壓狀態。它適用於精密機械工業、電子工業(半導體、集成電路等)宇航工業、高純度化學工業、原子能工業、光磁產品工業(光盤、膠片、磁帶生產)LCD(液晶玻璃)、電腦硬盤、電腦磁頭生產等多行業。
生物潔凈室：主要控制有生命微粒(細菌)與無生命微粒(塵埃)對工作對象的汙染。又可分為：
（1）壹般生物潔凈室：主要控制微生物(細菌)對象的汙染。同時其內部材料要能經受各種滅菌劑侵蝕，內部壹般保證正壓。實質上其內部材料要能經受各種滅菌處理的工業潔凈室。例：(手術室、無菌病房)食品、化妝品、飲料產品生產、動物實驗室、理化檢驗室、血站等。
（2）生物學安全潔凈室：主要控制工作對象的有生命微粒對外界和人的汙染。內部要保持與大氣的負壓。例：細菌學、生物學、潔凈實驗室、物物工程(重組基因、疫苗制備)。