（1）急性中毒 壹些違禁藥物本身對人體的組織器官具有毒性作用，若壹次攝入殘留物的量過大，會出現急性中毒反應，但急性中毒的事件發生相對很少，藥物殘留的危害絕大多數是通過長期接觸或逐漸蓄積而造成的。
（2）變態反應（過敏反應）壹些抗菌藥物如磺胺類藥物、青黴素、四環素、金黴素及某些氨基糖苷類抗生素能使部分人群發生變態反應。變態反應癥狀多種多樣，輕者表現為蕁麻疹、發熱、關節腫痛及蜂窩織炎等，嚴重時可出現過敏性休克，甚至危及生命。當這些抗菌藥物殘留於雞蛋食品中進入人體後，就使部分敏感人群致敏。當這些被致敏的個體再接觸這些抗生素或用這些抗生素治療時，就會發生變態反應，可能危及生命。
（3）“三致”作用 即致癌、致畸、致突變作用。藥物及環境中的化學藥品可引起基因突變或染色體畸變而造成對人類的潛在危害。當人們長期食用含有三致作用藥物殘留的雞蛋時，這些殘留物便會對人體產生有害作用，或在人體中蓄積，最終產生致癌、致畸、致突變作用。近年來人群中腫瘤發生率不斷升高，人們認為與環境汙染及動物性食品中藥物殘留有關。如硝基呋喃類、砷制劑等都已被證明具有致癌作用，許多國家都已禁止這些藥物用於食品動物。我國食品生產中也已禁止使用。
（4）對胃腸道菌群的影響 人的正常機體內寄生著大量菌群，如果長期與動物性食品中低劑量的抗菌藥物殘留接觸，就會抑制或殺滅敏感菌，耐藥菌或條件性致病菌大量繁殖，微生物平衡遭到破壞，使機體易發感染性疾病，而且由於細菌耐藥而難以治療。
（5）使細菌耐藥性增加 由於抗菌藥物的廣泛使用，細菌耐藥性不斷加強，而且很多細菌已由單壹耐藥發展到多重耐藥。飼料中添加抗菌藥物，實際上等於持續低劑量用藥。動物機體長期與藥物接觸，造成耐藥菌不斷增多，耐藥性也不斷增強。抗菌藥物殘留於動物性食品中，同樣使人也長期與藥物接觸，導致人體內耐藥菌的增加。如今，不管是在動物體內，還是在人體內，細菌的耐藥性已經達到了較嚴重的程度。另外，人們很關註的動物病原菌的耐藥基因是否會傳遞給人類病原菌的問題，現已得到證實。人與人之間，動物與動物之間均存在耐藥基因的傳遞問題。因此，應盡量少使用人、獸***用的抗生素，如青黴素、鏈黴素等。
（6）對臨床用藥的影響 給臨床診治疾病帶來困難。長期接觸某種抗生素，可使機體免疫功能下降，以致引發各種病變，引起疑難病癥，或用藥時產生不明原因的毒副作用，給臨床診治帶來困難。使藥物費用不斷增加，養殖利潤下降。在蛋雞養殖中，發生感染性疾病時，必須不斷加大治療用藥劑量才有效。不但增加了飼養成本，更由於病程延長，影響了蛋雞的生產性能，使養殖利潤下降，甚至血本無歸。
（7）給新藥開發帶來壓力 由於藥物濫用，細菌產生耐藥性的速度不斷加快，耐藥能力也不斷加強。這使得抗菌藥物的使用壽命也逐漸變短。要求不斷開發新的品種以克服細菌的耐藥性。細菌的耐藥性產生越快，臨床對新藥的要求也越快。然而要開發出壹種新藥並非易事。以往，制藥公司憑偶然發現新的抗生素，但現在尋找到新的抗生素越來越困難，新抗菌藥開發的速度減慢，而細菌的耐藥性不斷加快，這是壹種危險的傾向。
（8）獸藥殘留與環境 動物用藥以後，藥物以原形或代謝產物的形式隨糞、尿等排出體外，殘留於環境中。絕大多數獸藥排入環境後，仍然具有活性，會對土壤微生物、水生生物及昆蟲等造成影響。