我國生藥種類繁多，共有約7000種，其中常用生藥約500種。為了便於學習、研究和應用，必須按照壹定的規律對它們進行分類和描述。不同的書可以根據不同的目的以不同的方式分類。常見的分類方法如下:
1.按藥用部位分類
壹、生藥分為植物藥、動物藥、礦物藥。植物藥按藥用部位不同分為根、根莖、皮、莖和樹、葉、花、果、種子和全草。這種分類便於學習和研究藥材的形態和內部結構，掌握各種藥材的形態和顯微特征及其鑒別方法，比較同種不同藥材在形態和顯微特征上的異同，也有助於學習和提高傳統的藥材鑒別經驗。這本教科書采用了這種分類。
2.按化學成分分類
根據藥材所含有效成分或主要成分的種類，如含苷類藥材、含生物堿類藥材、含揮發油類藥材等。這種分類方法便於學習和研究藥物的有效成分和理化分析，也有利於研究有效成分與療效的關系，以及含有相似成分的生藥與科屬的關系。
3.根據自然系統分類
根據生藥原植物(動物)的分類地位和親緣關系，按門、綱、目、科、屬、種分類排列。這種分類便於學習和研究同屬壹科的生藥在形態、性狀、組織結構、化學成分、功效等方面的異同，比較其特異性，揭示其規律性，有利於尋找成分和功效相近的植物(動物)，擴大生藥資源。
4.根據藥理作用或中藥功效分類。
根據生藥的藥理作用或中藥的功效，例如根據現代藥理作用，作用於神經系統的生藥，作用於循環系統的生藥等。，或根據中藥的功效，可分為解表藥、退熱藥、補虛藥等。這種分類便於學習和研究藥物的功能和效用，有利於與臨床和有效成分相結合。
5.其他分類
歷史上我國現存最早的本草著作《神農本草經》根據藥物的毒性和用藥目的分為三類。《本草綱目》根據藥物的天然屬性分為玉、草、木、蔬果、米、名、未用六類，每類又分為上、中、下三類。《本草綱目》將藥物分為16個部分，包括水、火、土、草、糧、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人，每個部分的藥物按其生態、性質分為60類，如草、香草、濕草、毒草等。