下面，將以檢察院的紙質檔案數字化為例，對檔案數字化處理的基本程序與方法予以介紹。
創建檔案管理分類架構
檢察院的綜合檔案管理，分類架構壹般為：
文書檔案、財務檔案、聲像檔案、實物檔案、基建檔案、設備檔案、司法鑒定檔案、訴訟檔案和電子檔案等九大類，訴訟檔案是檢察院最為專業、也最為重要的檔案類型。
各級檢察院可根據自身管理需要，進行更詳細的檔案分類管理。
取卷
從庫房拿取需要數字化的紙質實體案卷，取卷時註意：
準確記錄所取案卷的物理存放位置。
依次拿取，不要丟卷，確保案卷的完整。
檔案定義
檔案定義，是3Hmis的專用術語，實際上就是確定檔案的最底層分類的相關屬性，或稱案卷的相關屬性。3Hmis可同時管理紙質檔案和數字化檔案，如果3Hmis已存在相關案卷信息，此步驟可省略。
關於檔案定義的具體操作，前面已詳細介紹，這裏不再重復。
拆卷
拆卷的含義是手工拆除案卷裝訂，如果紙質實體案卷信息已保存在3Hmis系統中，還應執行取消註冊功能，相當於在3Hmis中執行拆卷操作。
拆卷的註意事項：
保證案卷的完整，檢查是否有缺頁、漏頁及其它錯誤，正、副卷標註是否正確。
保持案卷的清潔。
拆開案卷，將案卷背面的封條小心撕幹凈，剪開裝訂線。
取掉案卷中的金屬物。
將卷內文件壹頁頁分開，對單面、雙面等情況進行標註，以提醒掃描人員註意。
為了方便掃描及時與掃描人員溝通。
註明每卷（包括正、副卷）的頁數及其他的特殊情況。
如有疑問，應及時向檔案管理員進行咨詢和溝通，不得擅自違規處理。
錄入卷內文件信息
壹份案卷，壹般都由多份性質相同或相似的文件組成，即所謂卷內文件。
如果系統中已存在卷內文件目錄，不必在錄入，若無，則采用新建文件的方法，錄入卷內文件屬性信息。
掃描
對已錄入相關屬性的卷內文件進行掃描，並將掃描結果文件引入（上傳）檔案系統。
3Hmis的圖片管理器內嵌掃描處理程序，可在錄入卷內文件信息的同時直接調用掃描模塊進行掃描（支持高速掃描儀），用戶亦可使用其它掃描程序掃描文件（但使用3Hmis提供的圖片管理器更為簡單方便），然後，再通過引入功能將掃描文件引入檔案系統，3Hmis還提供了專門的批量引入工具。
如果檢察院有更嚴格的數字化檔案安全管理要求，並有專門用於歸檔的電子印章，可在掃描文件上加蓋歸檔專用的電子印章。
掃描時的註意事項如下：
根據需要設置掃描文件的格式和分辨率，3Hmis可對各種常用格式的數字化文件進行管理。
對於封面、內頁、手寫訴狀或是發票等各類不同證據材料，需用不同的比例或掃描方法進行掃描。
根據規則設置掃描文件的存放位置和掃描結果文件的文件名（采用3Hmis圖片管理器掃描時，將自動上傳，股不需要存放在客戶端）。
將掃描頁數和拆卷人所註明的頁數核對，確保不重掃、漏掃、多掃，同時保證案卷的清晰度，對掃描結果不佳的頁面進行專門處理。