藥店可以刷醫保卡，但是必須得是在醫保定點藥店才能刷醫保卡購買藥品，此外，如果是購買藥店裏面的保健品等，那麽就不能使用醫保卡進行支付了，畢竟保健品是不在醫保範圍內的。大多數情況下，藥店裏面刷醫保卡購藥，使用的是醫保卡個人賬戶中的錢，因此，如果醫保卡個人賬戶中沒有錢了，那麽其實也是無法用來支付藥品費用的。
使用醫保卡只可以在定點的藥店買藥。在定點零售藥店購藥時，如果參保人參加了醫療保險個人賬戶則可使用個人帳戶中的資金進行購藥；此外，社保卡的金融賬戶中若有存入資金也有等同於普通銀行卡的支付功能可用於購藥。
基本醫療保險壹檔參保人個人賬戶積累額超過本市上年度在崗職工平均工資5%的，超過部分可用於支付以下費用：
(壹)本人在定點零售藥店購買基本醫療保險和地方補充醫療保險藥品目錄範圍內的非處方藥品費用;
(二)本人及其已參加本市基本醫療保險的配偶和直系親屬在定點醫療機構就診時自付的基本醫療費用、地方補充醫療費用;
(三)本人及其已參加本市基本醫療保險的配偶和直系親屬的健康體檢、預防接種費用;
(四)國家、廣東省及本市規定的其他醫療費用。
法律依據
《中華人民***和國社會保險法》
第二十六條 職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條 參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。