2013年6月，城鎮職工醫保、居民醫保、新農合三類醫保經辦機構整合為醫保基金管理中心。該中心隸屬於市政府，暫由財政部門管理（主要原因是國家層面尚未整合管理職責）。全市統籌、財政部門管理醫保經辦機構是三明改革的顯著特點。福建省三明市醫改針對 "以藥養醫 "和 "宰病人 "的頑疾，疏堵結合，堅決扭轉公立醫院創收贏利機制，初步建立起保障醫療制度公益性的新體制，讓醫院和醫生回歸救死扶傷的本職。
法律依據："關於進壹步推廣福建省和三明市深化醫藥衛生體制改革經驗的通知》深化醫療、醫保、醫藥 "三醫 "聯動改革。三明市按照騰籠換鳥的思路和騰空間、調結構、保銜接的路徑，深化 "三醫 "聯動改革，實行藥品、耗材聯合限價采購，按照總量控制、結構調整、有升有降、逐步到位的原則，確保騰出的空間讓利於民，並著力相應調整醫療服務價格，建立動態調整機制，建立有效的價格調整機制。醫療服務價格，建立動態調整機制，優化醫院收入結構，建立公益性運行新機制。2018 年，三明市二級及以上公立醫院醫療服務收入（不含藥品、耗材、檢查、化驗收入，下同）占醫療收入的比重達 42%。福建省全面跟進國家組織的藥品集中采購和使用試點，實行醫用耗材陽光采購，並及時相應調整醫療服務價格。福建省醫保電子結算中心實現醫保基金對醫藥企業的直接支付結算。