長期以來，揚子江藥業集團始終堅持走“科技興企、科技強企”的科技發展路線，每年均投入重資用於科技活動。集團先後累計投入10多億元，在上海、南京、北京、廣州、成都及總部泰州成立新藥研發中心，並組成了揚子江藥物研究院，揚子江藥物研究院下設的每個分中心均具有獨立的研發場所，絕大部分配備了進口實驗設備。在研究院總部，擁有壹個2000平方米的獨立的中試車間，並已通過GMP認證，這壹硬件條件是國內其它制藥企業很難達到的。
1998年，揚子江藥業集團率先在江蘇省醫藥行業成立企業博士後科研工作站，2001年揚子江藥物研究院經原國家經貿委等部門認定為國家級企業技術中心，2006年揚子江藥物研究院被科技部認定為國家級企業創新研發中心。2006年，集團對揚子江藥物研究院下設的各研發中心進行了資源整合，形成了化學藥物研發中心、藥物制劑技術工程研究中心、生物藥物研發中心、中藥制造工藝工程研究中心等四大研發中心，並以此成立江蘇省（泰州）新藥研究院，致力於化學藥、中成藥、生物藥及制劑技術的創新研發。同年，江蘇省（泰州）新藥研究院被江蘇省委省政府、江蘇省科技廳列為江蘇省“十壹五”重點研發機構項目。
化學藥物研發技術中心
從事抗病毒藥、內分泌藥、心腦血管藥等三大領域創新藥物的設計、合成、篩選技術研究、產品開發及原料藥的中試、產業化。該項目目前已列入國家發改委的技術中心創新能力建設專項。
中藥制造工藝工程研究中心
從事大孔吸附樹脂技術、膜分離技術、超臨界萃取技術、超微粉碎技術等技術在中藥制造工藝中的應用研究、產品開發及產業化研究。該項目被列為國家發改委的工程中心建設項目，目前已通過驗收，項目名稱為南京海陵中藥制藥工藝技術國家工程研究中心。
藥物制劑技術工程研究中心
從事難溶藥物脂質體技術、緩控釋制劑技術、藥用乳劑技術、中藥膠囊防潮輔料技術的應用研究、產品開發及產業化研究。該項目獲批為首批企業國家重點實驗室，項目名稱為新型藥物制劑技術企業國家重點實驗室。
生物藥物研發技術中心
從事生物診斷試劑研發技術、單克隆抗體研發技術的應用研究、產品開發及產業化研究。