1．二類地區設置99張床位以下醫療機構(不含醫療美容機構)的登記機關為轄區縣(市)區級衛生行政部門。設置醫療美容機構、100張床位以上醫療機構的登記機關為市及市以上衛生行政部門。
2．三類地區設置醫療美容機構、20張床位以上醫療機構的登記機關為市及市以上衛生行政部門。
3．四類地區設置99張床位以下醫療機構(不含醫療美容機構)的登記機關為轄區縣(市)區級衛生行政部門。設置醫療美容機構、100張床位以上醫療機構的登記機關為市及市以上衛生行政部門。
三、民營醫院的執業監督、校驗及信息公示
1．市級衛生行政部門負責其所登記的民營醫院的執業監督、校驗管理，定期公示民營醫院信息，指導縣(市)區級衛生行政部門做好轄區內所登記的民營醫院的執業監督、校驗及信息公示等管理工作。
2．縣(市)區級衛生行政部門負責其所登記的民營醫院的執業監督、校驗管理，定期公示民營醫院信息。
四、民營醫院經營性質的確定
民營醫院的經營性質按機構整體劃分分為非營利性和營利性。劃分的主要依據是醫療機構的經營目的、服務任務，以及執行不同的財政、稅收、價格政策和財務會計制度。
非營利性醫療機構是為社會公眾利益服務而設立和運營的醫療機構，不以營利為目的，其收入用於彌補醫療服務成本，實際運營中的收支結余用於自身的發展，改善醫療條件、引進技術、開展新的醫療服務項目等。營利性醫療機構是指醫療服務所得收益可用於投資者經濟回報的醫療機構。
民營醫院在申請醫療機構執業許可登記時可以自主選擇營利性或非營利性醫院經營性質，經登記機關審核後，在《醫療機構執業許可證》(正、副本)上註明。
五、非營利性醫院的登記與管理
1．民營醫院在申請執業登記時，使用醫療機構規範名稱。規範名稱為：行政區劃名或地名+字號+組織形式(醫院)，專科醫院可在“組織形式”前加上“專科名稱”。
2．非營利性醫療機構，到同級民政部門進行民辦非企業單位登記。
民辦非企業單位登記，根據國務院《民辦非企業單位登記管理暫行條例》的規定及民政部、衛生部《關於城鎮非營利性醫療機構進行民辦非企業單位登記有關問題的通知》(民發[2007]253號)要求，醫院取得《醫療機構執業許可證》後，到同級民政部門進行民辦非企業單位登記。民政部門對民辦非企業單位的登記按照分級負責、雙重管理的原則進行監督管理。
3．對已登記為營利性醫療機構的醫院，自願選擇變更為非營利性醫療機構，向核發其《醫療機構執業許可證》的衛生行政部門辦理執業變更手續。變更後，進行民辦非企業單位登記前，應到工商登記機關辦理原企業登記註銷手續。
4．非營利性醫療機構的醫療服務價格執行國家和雲南省的醫療服務價格標準。
5．非營利性醫療機構的醫療服務價格、藥品價格執行明碼標價制度。
六、營利性醫院的登記與管理
1．凡經衛生行政部門登記為營利性經濟類型的醫療機構，需辦理工商登記方可開展診療活動。
2．民營醫院申請登記為營利性的，應當按照《企業名稱登記管理規定》、《企業名稱登記管理實施辦法》的規定，到工商登記機關申請企業名稱預先核準，取得《企業名稱預先核準通知書》後，再到衛生行政部門辦理《醫療機構執業許可證》。
3．營利性醫療機構取得《醫療機構執業許可證》後備齊相應的環保、消防等企業登記所需材料方能申請辦理企業註冊登記。
4．設立為有限責任公司或股份有限公司的醫療機構，其名稱可預核為“昆明(雲南)×××醫院有限(責任)公司，或者“昆明(雲南)×××醫院股份有限公司”，在對外宣傳、使用牌匾時可省略後綴“有限責任公司”或“股份有限
公司”。
5．凡利用外資的，可申請設立中外合資或者中外合作經營的營利性醫療機構。
6．營利性醫療機構的醫療服務價格由各醫療機構自主制定醫療服務價格標準。
7．營利性醫療機構的醫療服務價格、藥品價格執行明碼標價制度。
七、民營醫院藥品價格的確定
1．民營醫院經營的列入國家和省藥品定價目錄的藥品實行zhengfu定價，在國家和省定最高零售價格範圍內自主制定實際銷售價格。
2．民營醫院經營的未列入國家和省藥品定價目錄的藥品實行市場調節價，以實際進價為基礎，結合昆明藥品市場實際，自主制定實際銷售價格。
3．民營醫院如參加藥品集中招標采購的，按藥品集中招標采購價格管理辦法執行。
4．民營醫院的自配藥物制劑實行定價管理，凡冠以 “昆明(昆明市)×××醫院”的，其自配藥物制劑價格由昆明市發改委審批；凡冠以“昆明(昆明市)×××區(縣、市)×××醫院”的，其自配藥物制劑價格由所在區(縣、市)發改局審批。
八、民營醫院的稅費政策
1．非營利性醫院按照國家規定的收費項目和價格標準取得的醫療服務收入，免征除企業所得稅以外的各項稅收。
2．登記為營利性醫院的，根據《稅務登記管理辦法》(國家稅務總局第7號令)有關規定，應當自領取營業執照之日或有關部門批準設立之日起3 0日內向醫療機構所在地稅務機關申報辦理稅務登記。
3．營利性醫院的醫療服務收入，經稅務部門核實直接用於改善本院醫療衛生條件的，自取得醫療機構執業登記之日起，3年內免征醫療服務收入營業稅；對其自用的房產、土地，3年內免征房產稅、城鎮土地使用稅；3年免稅期滿後恢復征稅，恢復征稅起5年內，地方留存部分先征後返還，6—10年減半返還。
4．營利性醫療機構轉變為非營利性醫療機構或非營利性醫療機構轉變為營利性醫療機構，應當按《稅務登記管理辦法》(國家稅務總局第7號令)規定，自工商行政管理機關變更登記或有關機關批準變更之日起3 O日內，持有關變更的證明文件等資料，到主管地稅機關辦理變更登記手續。
5．原有營利性醫院變更為非營利性醫院，按照國家規定的收費項目和價格標準取得的醫療服務收入，自取得非營利性醫院執業登記之日起到主管稅務機關辦理有關免稅手續。
6．根據《中華人民***和國車船稅暫行條例》的規定，民營醫院車船稅不在減免範圍內，不享受減免稅優惠政策。
九、平等開放醫療服務市場
所有依法準入的民營醫院，均可依照程序申請作為城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險和新型農村合作醫療的定點醫療機構。