深圳藥檢所註重人才培養，不斷加強隊伍建設，打造了壹支年輕化、專業化的技術人才隊伍，全所現有工作人員120名，本科以上學歷人員為總人數的80%以上，其中博士8人，碩士35人。國家藥品、保健食品審評專家，兼職教授、碩士生導師、地方級專業人才領軍人物已成為技術骨幹。為適應藥品檢驗技術迅猛發展的需求，近年來先後配備了紅外激光拉曼光譜儀、高效液相-質譜-質譜聯用儀、氣相色譜-質譜-質譜聯用儀、電感耦合等離子發射光譜儀、差示量熱掃描儀和熱重分析儀等現代精密儀器。全面開發應用實驗室管理 (LIMS)和科學數據管理(SDMS)系統，檢驗檢測步入高效可控、良好溯源的信息化軌道。全所資產規模2億元，其中儀器設備資產超過1億元，儀器裝備水平和信息化應用，處於全國領先行列。按照“科學、公正、優質、高效”的質量方針，建立健全覆蓋全過程、全方位、全員參與的管理體系，制訂推行質量手冊、程序文件、作業指導書、記錄表格四個層次的體系文件， 2004年在藥檢行業第壹批取得中國實驗室認可資質，檢測結果獲得國際通行證。
作為藥品質量技術監管的藥檢機構，深圳市藥品檢驗所全面推行國家、地方兩級基本藥物品種、重點藥物品種的質量抽查和質量評估；著力開展面向社區診所、零售藥店現場檢驗藥品真偽、優劣的快檢方法；積極應對“非典”、“甲型H1N1流感”等應急突發事件的藥品質量保障任務，成為政府監管藥品質量強有力的技術支撐。2007年率先向市民個人開展蟲草、燕窩、人參等貴重中藥材的鑒別；以及性功能保健產品中“偉哥”、減肥類產品“曲美”、美白類化妝品中鉛汞等項目的檢驗。為百姓健康築起了貼心、安全的防火墻。建立了藥物和醫療器械生物安全評價和藥品分析測試研究兩大公***服務平臺，並向社會開放，動態推行企業檢驗能力考評及高風險藥品生產企業巡查，全力推進微生物檢測重點實驗室和良好規範實驗室(GLP)的建設，為醫藥產業發展提供堅實可靠的技術服務。