應從國家基本藥物目錄中調出的情形如下：
1、藥物已經退出市場或停止生產：藥物可能因為不良反應、安全性問題、缺乏市場需求等原因，從市場上逐漸淘汰，或者生產企業停止生產。此類藥物已經不能在治療上發揮作用，因此從國家基本藥物目錄中退出，可以使藥品資源更加合理地分配和利用。
2、更有效、更安全或者更經濟的藥物能夠取代原有藥物：醫學技術和藥物工業的不斷進步意味著新藥的研制和推出，很可能比舊藥更加安全、更加經濟、並且具有更多的治療選項，此時，原有藥物可以被更有效的藥物所替代。
3、藥物使用效果不理想，不能滿足治療需求，或常規門診藥物治療不需要使用的藥物：壹些在臨床實際中不再具有治療效果或者已經不再需要使用的藥物，也應從基本藥物目錄中調出，以避免不必要的浪費。
4、藥物使用風險較高，存在安全風險或者不良反應較多且嚴重：壹些藥物存在比較高的安全隱患和嚴重不良反應，可能會對患者造成嚴重的影響甚至危害生命安全。此時，基於安全性考慮，該藥物應從基本藥物目錄中調出。
國家基本藥物目錄的作用
國家基本藥物目錄是指在保障人民基本藥物需求的前提下，以適宜的藥品種類、科學的藥品配置實現經濟可行性的藥品服務體系，目的是為了規範藥品目錄的管理，統籌醫藥資源的分配，推動藥品合理使用，保障人們基本的醫療健康需求。
國家基本藥物目錄包括了基礎的藥品，如感冒藥、退熱藥、消炎藥、止疼藥等，涵蓋了全國醫院和大部分藥店商品架上的常用藥品。國家基本藥物目錄是以國家層面制定的藥品目錄，主要分為兩個部分：國家基本藥物目錄（首批），也稱為“國家基本藥品目錄”和“基本藥物目錄”，以及國家基本藥物目錄（第二批）。
國家基本藥物目錄（首批）於2009年實施，主要針對城市社區衛生服務機構和基層公***衛生機構，在2018年進行了更新和修改，以適應國家醫藥健康領域的發展和需求。國家基本藥物目錄（第二批）於2012年啟動，2017年正式發布，目前仍在實施中。
國家基本藥物目錄中所列藥物是在保證藥物質量和醫療有效性的前提下，對國家基本醫保和公***衛生等方面的重點需求藥品實行的嚴格控費政策，目的是讓基本藥物在價格、供應等方面得到優惠、得到保障，使其更好地為廣大人民服務。