二、審計要求
逐筆審查：課題經費支出每筆會計憑證都要進行翻閱，對大額支出票據要進行復印，作為審計工作底稿主要內容。每筆支出5000元以上的復印取證，並結合制度規定，審查支出內容及票據真實性，對課題合作研發單位視情況進行跟蹤審計； 核算要求：科研經費的專項經費和自籌資金要單獨建賬，必須單獨核算； 對任務書中合作單位、協作單位要求：合作單位是任務書中列出的***同研發機構(大學、研究院和企業）, 審計要求視同承擔單位，項目支出要以臺賬形式列出；任務書中未列出的單位或企業，實際執行過程中而承擔單位又把經費撥付對方, 叫協作單位。上述的合作及協作單位在提供本課題支出的臺帳同時要提供60%以上的發票復印件，並加蓋財務章。有些特殊項目或項目在審計過程中發現不規範、有疑問等，票據抽查比率要高於60%甚至達到100%。三、課題預算經費執行的合規性的審計重點
審查是否有經費管理辦法中明確規定不能開支的內容列入課題經費支出; 經費支出上是否存在超範圍、超標準的情況； 是否有課題執行期以前年度的費用支出列入。專項經費和自籌經費審查重點的區別
專項資金重點審核專項資金的預算執行情況、使用範圍是否符合相關管理文件的規定、有無違規轉撥、擠占、挪用、虛假開支等情況。 自籌資金重點審核是否按預算書、任務書的承諾足額到位，且配套的自籌資金必須為現金，不得以房屋、設備等實物及無形資產作為配套資金，配套資金的撥付必須按照預算約定與專項經費使用同步同比例到位和使用。四、科研經費各科目的審計重點
（1）設備費
是否按任務書中的清單進行采購；
金額大的（5萬元以上）按國家有關規定政府采購；
在已有臺帳記錄的情況下，需提供采購合同、發票；
核實設備數量、使用情況並提供設備使用記錄及設備盤存表。
試制加工設備需提供材料臺帳並要有加工合同、發票，金額大的參照政府采購的政策。
( 2 ) 材料費
提供材料臺帳並要求采購方提供采購合同、發票等，在核算上研發性支出和生產性支出要區分開。
（3）測試化驗加工費
測試加工費需要合同、發票、收據等相關依據。
（4）燃料動力費
為了使燃料動力費可以計量，承擔單位需有分攤依據，如：按項目參加人數或項目占地面積等進行分攤。
（5）差旅費
應提供相應的文字資料，如：出差目的地、出差事項（研究內容和解決結果等）、人員名單（應是科研組人員）、組長簽字、相關票據及臺帳 (不能出現餐飲費、禮品等)。
（6）會議費
應提供相應的文字資料，如：會議通知、內容，參加人員、職務、職稱及參加會議所需費用的票據。5萬以上的參照政府采購的政策 (不能出現餐飲費、禮品等)。
（7）國際合作與交流費
應提供相應的文字資料，如：國內外邀請函、專家和國別，會議通知、會議內容、地點、參加人員的職務、專業等及相關票據 (不能出現餐飲費、禮品等)。
（8）出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費
提供相應臺帳並要求提供項目合同、發票。
（9）勞務費
需提供發放標準、支付人員名單、身份證號、職務、專業，領取人簽字。
（10）專家咨詢費
需提供人員名單、身份證號、職務、職稱、工作單位，發放咨詢費清單、個人簽字。
（11） 間接經費
本單位現有儀器設備及房屋，日常用水、電、氣、取暖等支出按壹定比例分攤，需分攤的項目要有依據。人員工資需有清單及人員簽字。為項目發生的各項管理費用等需有相關人員簽字及臺帳。
（12）其他費用
提供相關的文件、合同、票據。
五、審計常見問題
編報虛假預算，套取國家財政資金；
未對專項經費進行單獨核算；
截留、擠占、挪用專項經費；
違反規定轉撥、轉移專項經費；
提供虛假財務會計資料；
未按規定執行和調整預算；
虛假承諾、自籌經費不到位；
其他違反國家財經紀律的行為。