培養基按其所含成分，可分為合成培養基、天然培養基和半合成培養基三大類。
（1）合成培養基。合成培養基的各種成分完全是已知的各種化學物質。這種培養基化學成分明確，成分準確，重復性好，但價格較貴，微生物在這類培養基中生長較慢。如高氏 1 號合成培養基、察氏（Czapek）培養基等。
（2）天然培養基。由天然物質制成，如蒸馬鈴薯和普通牛肉湯，前者用於培養黴菌，後者用於培養細菌。這類培養基的化學成分很不穩定，難以確定，但制備方便，營養豐富，所以經常使用。
（3）半合成培養基。在天然有機物的基礎上適當添加已知成分的無機鹽，或在合成培養基的基礎上添加某些天然成分，如海域生物技術中培養黴菌的馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養基。這類培養基能更有效地滿足微生物對營養物質的需求。
2.按培養基的物理狀態分類
培養基按其物理狀態可分為三類：固體培養基、液體培養基和半固體培養基。
（1）固體培養基。就是在培養基中加入凝固劑，有瓊脂、明膠、矽膠等。固體培養基常用於微生物的分離、鑒定、計數和菌種保存。
（2）液體培養基。液體培養基不添加凝固劑。這種培養基成分均勻，微生物能充分接觸和利用培養基中的營養物質，適用於生理等研究，由於發酵率高，操作簡便，也常用於發酵工業。
（3）半固體培養基。是在液體培養基中加入少量凝固劑而形成的半固體狀態。它可用於觀察細菌的運動、鑒定菌株和測定噬菌體的效力。
3.按微生物種類分類
培養基按微生物種類可分為細菌培養基、放線菌培養基、酵母菌培養基和黴菌培養基四類。
常用的細菌培養基有營養肉湯和營養瓊脂培養基；常用的放線菌培養基有高氏1號培養基；常用的酵母菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基和麥芽汁培養基；常用的黴菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基、豆芽汁葡萄糖（或蔗糖）瓊脂培養基和查氏培養基等。
4.按培養基的用途分
培養基按其特殊用途可分為富集培養基、選擇培養基和鑒定培養基。
（1）增菌培養基。是加入血液、血清、動植物組織提取物的培養基，用於培養某些要求較高的微生物。
（2）選擇性培養基。是根據某壹類或某幾類微生物特殊的營養要求或某些理化抗性而設計的培養基。使用這種培養基可以從混雜的微生物中分離出所需的微生物。
（3）鑒定培養基。它是在培養基中加入某種試劑或化學物質，使培養後的微生物發生某種變化，從而區分不同類型的微生物
（4）鑒別培養基。