閻祖強（局長、黨委書記，上海市食品安全委員會副主任、辦公室主任）
分管工作：負責市局和市食品安全委員會辦公室全面工作，分管規劃財務處（審計）。
趙英（黨委副書記）
分管工作：協助閻祖強同誌做好黨建、黨風廉政、幹部隊伍建設、群團工作，負責保密工作，負責直屬機關黨委工作，聯系局科技情報研究所。
衣承東（副局長、黨委委員）
分管工作：負責藥品、醫療器械、化妝品安全方面工作，負責醫改相關工作，分管藥品化妝品註冊處、藥品化妝品監管處、醫療器械註冊處、醫療器械監管處，聯系市藥品和醫療器械不良反應監測中心。
周書慶（黨委委員、紀委書記）
分管工作：負責紀檢監察、政風行風建設、舉報和安全生產工作，分管監察室，聯系市投訴舉報受理中心。
顧振華（黨委委員、副局長，上海市食品安全委員會辦公室副主任）
分管工作：負責食品安全方面工作，負責協調與市衛計委的相關工作，分管食品生產監管處、食品流通監管處、食品餐飲監管處，聯系市食品安全風險監測與評估中心。
彭建忠（黨委委員、副巡視員、直屬機關黨委書記）
分管工作：協助閻祖強同誌做好市局日常工作，負責幹部、培訓、對口支援、督導、信訪、建議提案辦理工作，分管辦公室（黨辦）、組織人事處（老幹部工作處），聯系市食品藥品包裝材料測試所。
周群（黨委委員、總工程師）
分管工作：協助衣承東同誌做好藥品化妝品監管工作，負責食品藥品質量管理體系建設、食品藥品信用體系建設、組織查處藥化和醫械重大違法行為，分管藥品醫療器械流通監管處（網絡藥品監管處）、稽查處，聯系局認證審評中心。
許瑾（黨委委員、副局長）
分管工作：負責食品藥品行政審批改革、食品藥品安全信息化建設、食品藥品科技發展規劃、檢驗檢測單位能力建設，分管政策法規（國際合作）處，聯系市食品藥品檢驗所。
徐徠（黨委委員、副局長）
分管工作：協助衣承東同誌做好醫療器械監管工作，負責食品藥品安全宣傳工作以及局政務公開工作，分管新聞宣傳處，聯系市醫療器械檢測所。