(1)有機物對環境的影響
當環境中存在大量有機物時，如牲畜糞便、血液、炎癥滲出物等。，可阻礙消毒劑與病原微生物的直接接觸，影響消毒劑的有效性。另壹方面，這些有機物可以中和和吸附壹些藥物，削弱消毒效果。因此，在使用消毒劑前，應進行充分的機械清洗，去除消毒劑表面的有機物，使消毒劑充分發揮作用。
(2)微生物的敏感性
不同病原微生物對消毒劑的敏感性明顯不同。比如病毒對堿和甲醛很敏感，但對酚類物質有很大的抵抗力。大多數消毒劑對細菌有作用，對細菌芽孢和病毒作用不大，所以在消除傳染病時應考慮病原體的特性來選擇消毒劑。
(3)消毒劑的濃度
壹般來說，消毒劑濃度越高，殺菌力越強，但隨著藥物濃度的增加，對活組織的毒性也相應增加。另壹方面，當濃度達到壹定程度時，消毒劑的功效就不再增加。所以使用時要選擇有效安全的殺菌濃度，比如70%酒精比95%酒精殺菌效果更好。
(4)藥物作用時間
壹般來說，消毒劑的效力與作用時間成正比。它們與病原微生物接觸和作用的時間越長，消毒效果就越好。如果作用時間過短，往往達不到消毒的目的。
(5)消毒劑的溫度
消毒劑的殺菌力與溫度成正比，殺菌力隨溫度升高而增強。壹般隨著溫度10℃的升高，消毒效果增加1 ~ 2倍，夏季消毒效果強於冬季。