專利侵權糾紛、確認不侵權之訴、民事與行政交叉訴訟、法定來源抗辯、陷阱舉證等均屬於知識產權民事訴訟，較之普通民事訴訟，相應的證據規則也具有壹定的特殊性。根據知識產權民事審判實踐，《知識產權證據規定》第3條、第4條、第5條、第6條、第7條對上述情形下當事人舉證的特殊規定予以明確。
《中華人民共和國****、國家專利法》第六十六條第壹款規定了新產品制造方法專利侵權糾紛中舉證責任的倒置，但在非新產品制造方法專利糾紛中，制造侵權產品的生產步驟和工藝參數仍掌握在侵權人手中、權利人很難接近侵權人的生產現場和生產記錄，以獲取完整的侵權產品制造方法證據，只是相對於新產品制造方法而言，侵權人的生產現場和生產記錄。在侵權產品制造方法專利糾紛中，權利人很難通過調取侵權人的生產現場和生產記錄來獲取完整的侵權產品制造方法證據，只是相對於新產品制造方法專利而言，在專利申請日之前，已經有其他方法制造出了與專利方法制造的產品相同的產品，因此，專利方法制造出相同產品的可能性沒有專利方法制造出新產品的可能性大。為了準確查明案件事實，《知識產權證據規定》第 3 條規定，原告完成相應舉證後，被告應當證明其產品的制造方法與專利方法不同。其中，原告是否盡了合理的努力證明被告使用了專利方法，要根據案件的具體情況來確定。例如，原告是否申請證據保全、原告是否嘗試接近被告的生產現場取證等都可以作為考量因素。
合法來源抗辯在知識產權侵權糾紛中較為常見，其成立要件有二：主觀上的不知情和客觀上的來源合法。由被告對侵權產品、復制品的合法來源承擔舉證責任在實踐中已經達到****，但對於被告不知道侵權事實的舉證責任，以及何種程度的證據證明來源合法，則存在不同的認識。從司法政策導向來看，銷售者不是侵權行為的源頭，其舉證要求不應過高，《知識產權證據規定》第四條規定，如果被告已提供證據證明產品來源合法，即通過合法進貨渠道、合理價格、符合條件的市場主體等正常商業途徑獲得侵權產品、復制品的，可以推定其沒有過錯。這種推定可以被權利人繼續舉證推翻，比如權利人已經發出侵權警告函。至於被告提供的來源證據能否證明其合法取得，應結合其合理註意義務，被告的經營規模、專業程度、市場交易習慣等，都可以作為認定其合理註意義務的證據。通常情況下，批發市場的商販與具有壹定規模的商貿公司，其對侵權產品、仿制品是否侵權的認知能力是不同的，其提供的證據的法律來源需要結合具體案情和交易習慣綜合判斷。
確認不侵權是知識產權領域特有的訴訟方式，最高人民法院《關於審理侵犯專利權糾紛案件應用法律若幹問題的解釋》於2010年對確認不侵犯專利權的權利要求予以明確。隨後，2011年修訂的《民事案件案由規定》對確認不侵犯商標權、著作權的訴訟請求進行了明確。在司法實踐中，當事人也曾提起確認不侵犯商業秘密的訴訟。知識產權證據規定》第 5 條規定了原告在提起訴訟時的舉證責任。需要註意的是，該條是基於訴訟的程序條件，即訴訟是否成立的條件作出的規定，故僅對程序事項的舉證責任作出了規定，並未涉及侵權證據的實體事項。
與普通民事訴訟不同，知識產權訴訟中民事與行政交叉的情況非常普遍，2019年修訂的《最高人民法院關於民事訴訟證據的若幹規定》（以下簡稱《民事證據規定》）第十條列舉了免於舉證的事實。司法實踐中，當事人在民事訴訟中經常提交專利、商標的復審、異議、宣告無效、撤銷等審查決定，其中有的未經司法審查，有的處於行政訴訟之中，其中認定的事實是否仍需作為證據援引，需要予以明確。民事訴訟法解釋》第 114 條規定，公文記載的事項，推定為真實的，但有相反證據足以推翻的除外。在此基礎上，《知識產權證據規定》第6條以基本不存在撤銷風險的行政行為所認定的基本事實為標準，適用證據豁免規則，包括在法定期限內未提起行政訴訟的行政行為所認定的基本事實，以及經生效裁判確認的行政行為所認定的基本事實部分。
知識產權侵權行為的隱蔽性特點決定了在傳統的舉證質證方式下，司法實踐中 "陷阱證據 "的情形大量存在。陷阱證據可分為 "機會提供型 "和 "犯罪故意誘導型"。對於前者，即《知識產權證據規定》第7條第1款規定的取證方法，其目的並無不當，其行為不損害公共**** 利益和他人合法權益，符合加強保護的司法政策，且形成的證據可以作為權利人起訴侵權的證據。對於後者，即《知識產權證據規定》第七條第二款規定的情形所證明的侵權行為，應進壹步加大打擊力度。根據不同主體的誘導意圖，將基於他人誘導產生的行為納入***同侵權行為的範疇，權利人可以據此形成證據起訴侵權人和第三人***同侵權行為。但是，僅憑權利人的誘導行為就應當排除侵權，由此獲得的證據不具備舉證能力。