協助局領導協調局內政務工作，落實政務督辦和領導批示。負責局年度計劃、總結及相關綜合調研和材料的起草。負責對縣衛生局、局直屬兩級事業單位工作目標管理的考核。負責來電的登記、計劃、處理和監督；負責局機關文件的審核、提交、編號、印刷和質量管理。負責組織編輯局黨組會議、黨組中心組學習會、局長辦公會的會議記錄、會議紀要；負責全市衛生工作會議的會務工作和會議材料。負責局機關檔案管理、安全管理和密碼管理，檢查指導二級機構檔案和安全工作。負責局機關的值班安排和安全生產的協調工作。負責報刊雜誌的訂閱。負責局機關印章的管理和標識；負責機關內部和直屬單位印章的發放。負責NPC代表、CPPCC委員來信、建議、提案的登記、分辦和督辦。研究制定我市衛生人力資源規劃，會同有關部門制定衛生機構設置標準、衛生技術人員工資標準、衛生技術人員崗位設置方案和崗位資格標準。指導全市衛生專業技術隊伍建設和管理，承擔專家、人才、知識分子工作。負責全市專業技術職務的考試、評審和聘任管理。負責市政府目標管理中衛生局職能的任務分解、監督、考核、總結和上報。負責局機關和二級機構人事和機構編制的指導、監督和管理，承擔人事調配、錄(聘)用、退役士兵安置、離退休人員審批等工作。按照幹部管理權限，承擔幹部考核、任免、備案和後備幹部選拔培養工作。負責局機關和二級機構分管幹部的培訓、學習調動和公務員培訓。負責局機關及二級機構工作人員的考勤、績效考核、年度考核、獎懲。負責局機關和二級事業單位職工工資管理和審批工作。負責局機關和二級事業單位工人的崗位培訓、技能鑒定、考核發證和技術人員的評聘工作。負責全市衛生機構因公致殘等級的申報和認證工作。負責局機關職工的殯葬、撫恤和遺屬工作。負責組織開展全市衛生系統表彰先進評選活動，協助相關部門承擔行業單項表彰工作。指導二級機構的用人工作，負責局機關借用人員的管理。組織實施醫療衛生對外交流與合作，參與國際組織倡導的重大衛生活動。負責全市醫療機構大型醫療器械的申報工作。統籌全市衛生資源配置。負責局機關和二級機構新項目收費標準的制定和價格申報。監督檢查二級機構衛生服務價格政策的執行情況。負責監督全市衛生專項資金的分配和使用。指導二級機構預決算編制，檢查指導二級機構財務會計管理。負責全市醫療機構藥品集中招標采購日常監管和市直公立醫療機構藥品收支賬目管理，負責審核二級機構基建規劃、基建項目立項和大型維修項目申請。負責局機關和二級事業單位國有資產的監督管理。負責國家擴大內需項目、民生項目和國債衛生項目的資金管理。負責國債衛生項目的立項和編制以及世界銀行貸款衛生八期項目的實施、管理和審計。負責全市衛生資源統計；負責局勞動統計工作。負責局機關經費的日常核算和財務管理。承擔局機關經費的會計核算、預決算等會計工作；負責局機關綜合經費的申請、支出審核和報銷；負責局機關行政事業性收費的管理。負責本局員工個人所得稅和基本醫療保險的申報和匯繳；負責局機關住房資金的匯繳。負責全市衛生資源統計；負責局勞動統計工作。負責局機關二級機構財務人員的培訓和繼續教育工作。負責局機關駕駛員和車輛的管理及相關後勤保障工作。
(2)醫學管理與醫學教育(中醫藥管理科)
負責全市醫療行政管理，編制全市醫療機構規劃。負責全市各級各類醫療機構的業務技術指導，實施醫療質量、臨床用血和醫院感染的監督管理。協助醫療機構和醫務人員的審批和註冊。負責全市醫學科研和醫學教育的宏觀管理和業務指導。組織和指導全市醫學重點學科和中醫特色專業建設。配合有關部門做好學科帶頭人培養工作。負責醫療機構開展新的醫療項目和技術的審批。制定並組織實施全市中醫藥發展規劃和工作計劃。負責全市中醫醫院、中西醫結合醫院和綜合醫院中醫科的宏觀管理；與有關部門共同推進中醫藥傳承創新。擬訂全市醫學教育和衛生行業在職教育培訓計劃，負責各類專業技術人員和管理人員的在職培訓、專業培訓和繼續教育。負責指導全市醫療事故的技術鑒定和處理工作。協助市政府及相關部門實施重大傷亡事故的應急救援。協助公共衛生應急辦公室做好突發衛生事件的醫療救治工作。協助行業協會開展工作，積極做好衛生救助、征兵體檢、醫療保障、支農工作。
(3)疾病控制司(地方病防治領導小組辦公室)
研究制定全市疾病預防控制事業發展規劃，負責全市疾病預防控制機構的專業技術指導和資源宏觀調控管理。組織制定本市傳染病、職業病、慢性非傳染性疾病等嚴重危害人體健康疾病的防治規劃、計劃和措施，並檢查監督實施。負責組織疾病監測和實施計劃免疫工作及管理。貫徹執行《傳染病防治法》，負責全市傳染病的報告、處理和監督管理；組織協調傳染病和慢性非傳染性疾病的預防和健康教育工作。負責組織對疾病預防控制專業人員業務和服務能力的定期考核和管理。負責組織對全市疾病預防控制機構的定期考核和管理。負責重大疫情的調查、處理、預防和控制。負責突發公共衛生事件的調查、處理、預防和控制。組織疾病控制項目的管理。負責市地方病領導小組的日常工作。依法制定本市地方病(血吸蟲病、碘缺乏病和地方性氟中毒，下同)防治的政策、策略和規劃，並組織實施。承擔地方病防治的組織協調工作，指導地方各級政府和有關部門開展地方病防治工作並進行監督、檢查和評估。負責組織地方病和疫病的調查，重大疾病和疫病的調查處理。制定本省寄生蟲病防治的政策和規劃，並組織實施；監督和指導各地開展寄生蟲病防治工作。承擔地方病防治規範性文件的起草和修訂工作。負責全市地方病防治的業務和技術管理；協助規劃和指導地方病防治機構的建設和管理。承辦市地方病防治領導小組辦公室和局領導交辦的其他工作。
(四)基層衛生和婦幼保健科(新型農村合作醫療管理辦公室)
擬定全市初級衛生保健改革發展規劃和配套政策措施。指導基層衛生服務體系建設，指導鄉鎮衛生機構建設和管理。負責基層醫療服務市場的監督管理。協調、指導、組織、實施和評估基層初級衛生保健。貫徹落實《鄉村醫生條例》，負責鄉村醫生執業註冊及相關管理工作。負責初級衛生項目的管理。擬訂支農扶貧計劃，並組織實施。在基層開展健康教育和健康促進活動。協助有關部門做好基層衛生人員的培訓工作。制定全市婦幼保健和生殖健康的規劃和目標並組織實施。貫徹母嬰保健法律法規和兩個綱要，依法管理、監督和指導母嬰保健機構。掌握全市婦女兒童健康狀況和發展趨勢，組織開展嚴重危害婦女兒童健康的疾病防治工作。宏觀管理各級婦幼保健機構；與相關部門壹起制定人員培訓和技術服務規範。負責婦幼保健和生殖健康的信息管理。組織開展婦幼保健和生殖健康的宣傳教育。指導婦幼保健機構建設。協助管理婦幼保健項目。擬定全市社區衛生服務的規劃、目標、配套政策和措施並組織實施。規劃和指導社區衛生服務體系建設，指導社區衛生服務機構建設和管理，對社區衛生服務工作實施宏觀管理和監督。負責社區衛生的信息管理。組織社區衛生宣傳教育。制定全市健康教育和健康促進的規劃、目標和策略並組織實施。綜合協調全市健康教育和健康促進工作。貫徹新型農村合作醫療管理的法律法規。制定和完善全市新型農村合作醫療制度，並組織監督、檢查和管理。負責收集和處理全市新型農村合作醫療相關信息。
(五)衛生監督科
制定全市衛生行政執法工作規劃和年度計劃並組織實施；擬訂衛生行政執法制度和規範並組織監督。指導全市衛生行政執法工作，負責衛生執法檢查工作。按職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理。負責公共場所和飲用水的衛生監督管理。負責傳染病防治的監督工作。會同有關部門，組織開展對醫療機構、采供血機構、婦幼保健機構、傳染病預防控制機構的綜合執法工作，組織查處違法行為。監督重大醫療衛生違法行為。協助突發公共衛生事件應急辦公室調查處理重大食物中毒和職業中毒事件。負責全市衛生執法隊伍的培訓和管理。負責公共衛生事務和依法行政，協助其他部門制定規範性文件初審和備案，配合其他部門組織衛生行政復議和聽證；負責“官民互動”、“百姓熱線”等欄目的咨詢和監督。
(6)行政審批科
事業單位行政許可。主要面向醫療機構、婦幼保健機構、血站、單采血漿站等。，依法受理公共場所衛生許可和特殊衛生技術準入。在規定的期限內，依法審批，並按法定程序出具證明。人事行政許可。主要面向醫生、護士、鄉村醫生、婦幼保健等技術人員依法執業許可。在規定的期限內，依法審批，並按法定程序出具證明。產品行政許可。主要針對集中式供水、二次供水單位和涉及飲用水衛生安全的產品，在規定期限內，依法進行衛生許可審查或審批，並按法定程序發放。
(七)市突發公共衛生事件應急辦公室。
組織協調突發公共衛生事件應急處置工作，協調市級相關部門協助地方人民政府實施重大突發公共衛生事件應急處置。負責組織起草突發公共衛生事件應急處理的相關政策和具體實施意見。建立健全全市突發公共衛生事件監測預警系統，對突發公共衛生事件的發生、發展進行預測、預報和預警，建立健全突發公共衛生事件信息收集、分析、報告和通報制度。制定、修訂和補充突發公共衛生事件應急預案，組織預案演練，指導各地落實突發公共衛生事件應急預案。為公共衛生和醫療救助專業人員組織突發公共衛生事件應急知識和處理技術培訓。建立突發公共衛生事件預防控制、應急處理專家庫；依法組織調度全市衛生技術力量，實施重大突發公共衛生事件應急處理和防控，調查處理不明原因疾病和新發疾病。負責組織鼠疫、霍亂、流行性感冒、傳染性非典型肺炎等疾病的預測、預報和預警，對其他重大傳染病暴發、流行組織實施應急處理和落實控制措施。制定全市應急藥品等物資的庫存和計劃，協助市有關部門管理救災、防病、防生物恐怖等突發公共衛生事件應急專項資金和應急藥品、生物制品等物資儲備。
(八)愛國衛生運動委員會辦公室(食品安全綜合協調辦公室)。
愛國衛生運動委員會辦公室職責:承擔愛國衛生運動委員會日常工作，協調組織相關部門實施愛國衛生工作。負責起草全市愛國衛生工作規劃、計劃和標準，並組織實施、監督和管理。負責與愛國衛生工作有關的法律、法規和規章的立法調研、起草、宣傳和實施。負責全市城市衛生檢查評估和創建衛生城市、衛生鄉鎮、衛生村活動的組織。負責全市農村環境衛生的技術指導。負責全市城鎮除“四害”工作的組織、宣傳、培訓、技術指導和效果評估。組織實施愛國衛生相關國際交流與合作項目。圍繞疾病防治，開展社會動員和組織群眾性衛生活動，負責愛國衛生宣傳教育。承辦上級愛衛會辦公室交辦的其他工作。
市食品安全綜合協調辦公室主要職責:具體承擔市政府食品安全管理委員會的日常工作。落實市食品安全管理委員會的決定。負責組織協調各成員單位履行食品安全監管職責。承辦市食品安全管理委員會的計劃、決議、決定、表彰和獎勵，並負責監督實施。負責起草文件，編寫簡報，主持會議。負責組織食品安全專項檢查，組織相關部門開展食品安全事故應急處置。
機關紀檢(監察)按照市紀委、市委組織部、市紀委、市監察局《關於市紀委、市監察局派出機構統壹管理的實施意見》的規定履行職責。