撫州市國家稅務局為正縣級機構，實行垂直管理的領導體制。市局機關內設12個行政科（室），下設3個直屬事業單位，3個直屬局。
辦公室
制定機關和系統年度工作計劃及長遠發展規劃，處理機關日常政務，起草、審核有關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；負責稅收宣傳工作；制定辦公規章制度；管理機關財務等行政事務；指導辦公自動化工作；辦理人大代表建議和政協委員提案；協助局領導對有關工作進行綜合協調。
政策法規科
進行稅政調查研究；研究稅制改革和完善稅收管理體制的有關政策；負責稅收綜合業務的協調和法律事務；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行監督檢查；負責重大稅務案件審理工作；辦理重大稅務案件的處罰聽證；辦理行政復議、應訴和賠償；會審稅收規範性文件；負責稅法普及宣傳工作；負責稅收執法責任制的推行工作。
流轉稅管理科
負責增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅的征收管理和稅政業務；貫徹執行流轉稅法規、規章並對執行情況進行監督檢查；擬訂有關流轉稅征收管理的具體實施辦法；負責增值稅防偽稅控推廣和管理工作，指導增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅日常稽核和檢查工作。
所得稅管理科
負責企業所得稅和居民儲蓄存款利息所得稅征收管理和稅政業務；對有關稅種具體問題進行解釋和處理；負責擬訂所得稅征收管理的具體實施辦法；指導企業所得稅的日常檢查；負責城市商業銀行、城鄉信用社財務管理工作。
征收管理科
組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度，研究制定綜合性稅收征管制度和辦法；負責稅務登記、征管質量考核、納稅申報、納稅評估管理及稅收征管資料管理；負責個體工商戶、集貿市場、農村稅收征管；負責納稅服務、納稅信用等級管理；負責普通發票的使用管理；負責組織綜合征管軟件推廣和應用工作；負責稅務代理監管工作。
計劃統計科
指導稅款征收信息集中處理工作；編制、分配稅收計劃，組織並檢查稅款入庫工作；制定稅收計劃和統計工作制度；負責稅收會計核算；對稅收數據進行統計和分析；負責稅源調查和測算及重點稅源管理，進行稅收能力估算和稅收宏觀分析；負責稅收票證的使用管理。
財務管理科
負責系統經費、財務、基本建設、物資裝備和資產的管理及其有關管理制度的制定工作；組織內部財務審計、離任審計工作；負責機關和直屬單位財務收支核算及管理；負責大宗物品政府采購工作。
人事科
負責研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、調配、勞動工資、專業技術職務等人事管理工作；負責任職培訓的組織工作；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查工作；負責提出對擬離任領導幹部的離任審計工作計劃，確定審計內容，運用審計成果；辦理出國、出境政審及相關工作；負責巡視工作的綜合協調、政策研究、制度建設、文件起草、巡視組人員管理；研究、組織、協調本市的巡視工作；承辦其它巡視事項。
離退休幹部管理辦公室（級別為副科級，掛靠人事科）
負責機關離退休幹部管理和服務工作，指導本系統離退休幹部管理和服務工作。
教育處
負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責幹部學歷教育、業務培訓管理工作；指導本系統的工會、***青團、婦聯工作。
培訓中心（級別為副科級，掛靠教育科）
負責落實系統國稅人員培訓計劃，組織實施全市國稅系統正股級（含）及以下幹部的任職培訓、專門業務培訓、更新知識培訓及其它相關培訓工作。
監察室
負責本系統各級國稅機關及工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責系統紀律檢查和行政監察工作；負責系統黨風廉政建設和行業作風建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責本級管理的幹部信訪舉報、違法違紀案件和系統內重大案件查處工作。
國際稅收進出口稅收管理科
負責進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的年終清算工作；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作；配合有關部門組織實施反騙稅檢查；負責國際稅收協定執行、反避稅、國際稅務征管合作與交流、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責涉外稅收法律法規的貫徹執行，並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查；負責處理系統外事管理事項。
機關黨委辦公室
負責市局機關和直屬單位的黨務、工會、青年、婦女工作；負責省局機關精神文明建設、工作秩序、目標管理考核工作。
稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對重點稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
直屬稅務分局
負責城區範圍內大型企業及金融、保險、證券、鐵路、電信、移動、聯通、石油、煙草等企業的稅務管理；負責城區範圍內外商投資企業、外國企業的稅務管理。
金巢經濟開發區分局
負責金巢經濟開發區範圍內各種納稅人的稅務管理。
信息中心
負責對信息數據的分析及管理；負責組織信息系統建設，執行信息系統管理制度和技術標準；構建和管理計算機網絡；維護網絡安全；管理和維護信息設備、軟件和綜合數據庫；負責“金稅工程”的網絡暢通、數據管理和技術工作；參與組織應用軟件的開發、推廣及技術培訓工作；協助稅控器具的鑒定和推廣工作。
機關服務中心
負責擬定後勤服務和行政事務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責機關後勤服務的組織管理和接待工作；負責機關辦公物品的采購、保管、分配和維修工作；負責房產管理、職工醫療保健等工作；負責社會治安綜合工作；負責對省直經營單位的管理工作。
票證中心
負責增值稅專用發票使用計劃的制定、上報、保管、系統內的調撥、核算及其它日常管理工作；負責“金稅工程”報稅、認證系統管理和稽核系統發票稽核工作；負責普通發票的印制、保管、系統內調撥、核算及其它管理工作。