1、外觀上的區別
黑枸杞是野生的，顆粒很小（最大的跟黃豆差不多），是圓圓的黑色果實，有壹個小小的果柄，含糖量非常小，直接咀嚼只有壹點點甜味，所以即使是糖尿病患者也可以放心食用。
紅枸杞是扁而長的紅色果實，壹般沒有果柄，含糖量較大，直接咀嚼有甜味。
2、吃法的區別
黑枸杞因為含有豐富的花青素，所以對溫度有壹定的要求，用60度以下的溫水或冷水浸泡，而且不能長時間熬湯、熬粥，因為黑枸杞的花青素和壹些營養成分都怕高溫，在高溫環境下，這些成分會受到破壞，而且黑枸杞泡在水裏不用，水會呈現不同的顏色。水會呈現出不同的顏色，在酸性水中是紫色，在堿性水中是藍色；黑枸杞的營養成分和滋補作用都很強，成人每天可吃5克左右。
紅枸杞不怕高溫，可以直接嚼食、泡水、泡酒、煲湯等；紅枸杞成人每天吃20g左右就好。
3、功效的區別
黑枸杞的營養成分和功效高於紅枸杞，被譽為 "滋補軟黃金"。現代科學研究表明，黑枸杞富含蛋白質、脂肪、糖類、遊離氨基酸、有機酸、礦物質、微量元素、生物堿、維生素C、B1、B2等100多種人體必需的營養成分。其中，遊離氨基酸的含量超過紅枸杞，Vc和脂肪的含量也遠高於紅枸杞，有利於人體直接吸收；微量元素中鐵、鈣、鎂、鋅、銅的含量遠高於紅枸杞的平均含量，而這些微量元素對多種酶的活性和核酸、蛋白質的合成、機體免疫力和細胞增殖等都有直接或間接的作用，可用於癌癥的預防和治療。