新農合的二次報銷指的是大病保險報銷，每年繳納地新農合有壹部分是用於大病報銷的。新農合大病保險報銷是有時間限制的，壹般為參保人結束治療後的6個月以內，攜帶相關材料去相關部門進行報銷即可。
但只有在參加正常的新農合報銷後，剩余自付費用超過上壹年度全市農村居民年人均水平，且超出部分可以申請二次報銷。可以攜帶身份證、病歷、診斷書、藥品清單、銀行卡、報銷補償表到當地報銷點申請二次報銷。
“二次報銷”是指城鎮居民醫療保險或新型農村合作醫療的居民。如果上壹年醫療費用高，除了正常報銷外，還可以再次報大病保險，沒有上限線。
壹般情況下，二次報銷由公民所在單位報銷。根據世界衛生組織的定義，家庭“災難性醫療支出”是指壹個家庭的強制性醫療支出≥家庭扣除基本生活費用(食品支出)後剩余收入的40%。根據2013年我國相應的統計指標，大致相當於城鎮居民年可支配收入和農村居民年人均純收入。
基本醫療保險報銷後，城鎮居民應當在基本醫療保險政策範圍內支付超過上壹年度北京市城鎮居民年可支配收入的費用，在基本醫療保險政策範圍內，農村居民支付超過上壹年度北京市農村居民年人均純收入的費用(以下簡稱“起付金額”)納入北京市城鄉居民大病保險支付範圍進行“二次報銷”。
新農合的第壹次報銷的時間也是有限制的，壹般情況下，新農合只能報銷本年度內產生的醫療費用。新農合二次報銷的費用不包含之前已報銷的部分，那麽經新農正常報銷後。
新農合二次報銷規則如下：
1、自付費用在1.5-6萬元，可報銷55%;
2、自付費用在6-10萬元，可報銷60%;
3、自付費用在10-15萬元，金額報銷65%;
4、自付費用在15萬元以上，可報銷70%。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》
第二十七條 參加職工基本醫療保險的個人，達到法定退休年齡時累計繳費達到國家規定年限的，退休後不再繳納基本醫療保險費，按照國家規定享受基本醫療保險待遇；未達到國家規定年限的，可以繳費至國家規定年限。
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。