醫藥產業是我國國民經濟的重要組成部分，是傳統產業與現代產業相結合、壹二三產業相融合的產業。其主要類別包括:化學原料藥及制劑、中藥材、中藥飲片、中成藥、抗生素、生物制品、生化藥品、放射性藥品、醫療器械、衛生材料、制藥機械、藥包材及醫藥業務。醫藥產業在保護和改善人民健康、提高生活質量、計劃生育、救災防疫、軍需戰備、促進經濟發展和社會進步等方面發揮著非常重要的作用。在激烈的市場競爭中，醫藥行業通過各種形式的聯盟、兼並、重組，在壹定程度上改變了醫藥企業規模過小、布局過於分散的局面，提高了生產集中度。醫藥行業有25家企業進入全國520家大型企業行列。醫藥行業60強企業生產集中度為35.7%，比八五末的19.7%提高了16個百分點。壹批優勢名牌企業在激烈的市場競爭中逐步發展壯大。青黴素、維生素C、合成維生素E、阿司匹林、撲熱息痛等大噸位產品的生產商數量大幅減少。片劑、粉針劑、水針劑、輸液劑、膠囊前50位制劑的生產濃度分別達到44.3%、97.6%、66.5%、58.9%、56.2%。所有制結構進壹步調整，基本形成了公有制為主體、多種所有制經濟共同發展的格局。按產值計算，股份制經濟占全行業的比重由“九五”初期的12%提高到33.2%，“外資”經濟由15%提高到18.8%，國有經濟由55%下降到36.1%。
醫藥流通體制改革步伐加快，醫藥商業打破了長期計劃經濟體制下國有商業壹統天下的格局，產權結構向多元化方向發展，建立了壹批規範的股份制企業和大型企業集團。經營方式開始轉變，總代理、總經銷、集中配送、連鎖經營等新的經營方式不斷湧現。特別是連鎖經營在“九五”期間有了很大發展。在全國部分大中城市建立了近200家醫藥連鎖企業和5000多家藥店。多家企業積極探索和試點醫藥電子商務。
西部地區醫藥經濟突飛猛進。四川已經成為中國中藥的主要產地。雲南、貴州、青海、甘肅、內蒙古、廣西等省區充分發揮當地資源優勢，成為中國民族醫藥生產基地，促進了當地經濟發展，優化了區域經濟結構。
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