現階段申請診所和藥店都有點困難，有錢還不壹定申請得到，還要有人，這就是中國的特殊國情，本人幾年前申請診所時花了半年時間，找了好多人才搞定，現在辦什麽都難啊!
1、價格不同
各省的各級各類醫療機構有多種購藥渠道，其中醫院購進的藥品，主要以各省市的政府統壹招標為主，以政府確定的中標價采購藥品。
零售藥店可以直接從廠家拿藥，也可以在代理商或其他供藥商手裏拿藥。因為拿藥環節、中轉價差不同，價格就會不壹樣。
2、報銷不同
去醫院開藥，需要先掛號，醫生看病，根據病情開出合適的藥物。需要排隊掛號，看病，時間會長壹些，比較繁瑣壹點。如果去藥店，可以直接買藥，省去壹些步驟。
但是醫生開藥可能會更有針對性，而且大部分藥物可以醫保報銷。而去藥店開藥，不能報銷，有時候不能對癥治療。所以，有人會覺得藥房的藥物沒有這麽好的效果。
：藥店的藥比醫院貴嗎？
對於非國家定價的藥品，價格由藥店根據經營情況自行制定。有的藥店連鎖店多，規模比較大，進貨時某種藥品進得多，價格自然就會便宜壹些。小藥店藥品進得少，價格就高。店面房租高低、優惠活動不同等也會導致價格差異，相鄰的兩家藥店，同壹種藥的價格都可能不同。”
醫院雖存在“以藥補醫”現象，但仍會執行各省的最高零售價限價，民眾不必擔心會買到價格嚴重超標的藥品。醫院除了提供藥品外，還提供各類診斷服務和用藥咨詢，這是藥店所沒有的。
由於非國家定價的藥品都是由藥店自行定價，所以同壹種藥，藥店賣的比醫院貴的情況也存在。市民最好根據自己的需要“藥比三家”，挑選最適合自己的方式來購買。
法律依據：
《藥品經營許可證》藥店屬於藥品零售企業，應符合相應條件取得食品藥品監督管理部門核發的；《醫療機構執業許可證》。診所屬於醫療機構，應取得衛生部門核發的