壹、所針對的化妝品用途不同。
衛妝備進字針對“普通進口化妝品”。
國妝特進字針對“進口特殊用途化妝品”。對具有育發、染發、燙發、脫發、美容、健美、防臭、祛斑、防曬作用的9種化妝品屬於進口特殊用途化妝品。
二、格式不同。
普通進口化妝品備案文號格式為“衛妝備進字（發證年份）第****號”，如衛妝備進字（2005）第1234號，表示該產品於衛生部在2005年準予備案進口的普通化妝品第1234號，是每年度按批準時間先後順序分別編排的序號，壹個產品壹個序號。衛妝備進字（四位數年份）第xxxx號。
進口特殊用途化妝品批準文號體例為：“國妝特進字J******** ”，批準文號（備案號）中“********”的前4位為年份，後4位為行政許可的先後順序，每年度從0001號開始分別編排。
三、申請方式不同。
衛妝備進字：進口的普通化妝品應在上市前需向衛生部申請備案，經審核準予備案的衛生部發給備案憑證。(即檢測合格，允許進口)。
衛妝特進字：須向衛生部申請，經同意之後，發給進口化妝品衛生許可證可批件，進口特殊用途化妝品的批準文號為：衛妝特進字（四位數年份）第xxxx號。（即同意申請，才能檢測，才能進口）。
擴展資料：
慎買無中文標簽的“進口化妝品”
記者從南潯區市場監管局了解到，近年來，網購、海淘、國外帶銷等新型消費模式興起，進口化妝品也成了壹大熱門產品。但不標註中文很容易誤導消費者，特別是過分崇尚國外品牌的愛美女性，往往認為沒有中文標識才更洋氣，而那些帶中文標識的產品反倒顯得土氣，卻不知道如何辨識真假。
壹些代購商品進貨渠道不明且沒有相關中文標識也讓很多“黑心商”趁虛而入，各種代購業務也在網店和微信圈日漸風靡，“無中文標簽”不僅讓消費者真偽難辨，更是埋下了購買假冒偽劣產品的安全隱患。
我國《化妝品衛生監督條例》第十二條明文規定，化妝品標簽上應當註明產品名稱、廠名，並註明生產企業衛生許可證編號；小包裝或者說明書上應當註明生產日期和有效使用期限。
特殊用途的化妝品，還應當註明批準文號。對可能引起不良反應的化妝品，說明書上應當註明使用方法、註意事項。而《化妝品衛生監督條例實施細則》第二十壹條規定，化妝品標簽、說明書、小包裝上應當註明的內容，必須有中文記載。
參考資料：
百度百科——衛妝字
人民網——慎買無中文標簽的“進口化妝品”