我國突發公***衛生事件應急工作存在的問題和不足如下:
1.總體投資嚴重不足，投資結構不合理。據統計，我國健康投資占國民經濟總產值的2.7%，遠低於美國的13.7%，德國的10.5%，印度的5.2%。占全國人口不到15.0%的城市人口享受2/3的醫療保障服務，而農村人口只能享受1/3的醫療保障服務。投資結構嚴重不合理。應急物資儲備和快速配送保障能力不足，應急物資儲備信息管理系統尚未建立，現有應急物資缺乏統籌管理，物資儲備更新、輪換和補償機制不完善。
2.突發公***衛生事件應急管理體系有待進壹步完善。2003年5月，國務院頒布了《突發公***衛生事件應急條例》，將突發公***衛生事件納入法制化管理。地方政府，甚至壹些企事業單位當時也制定了自己的應急預案。但這些條例和規章制度基本上是從行政角度規定各部門之間如何協調和落實具體工作。行政法規是綱領性文件，不能等同於完整有效的管理制度。
3.人才培養和儲備人才不足。醫學生應該充分考慮在校學習。預防醫學生和醫學生在校學習期間在課程設計上要充分互補，預防醫學生要開設壹些必要的臨床醫學課程，以補充未來工作中知識的不足。臨床生還要學習預防醫學相關課程，畢業後分配到醫院感染科。他們可以參與醫院感染控制方案的制定和實施，防止醫院內的交叉感染。就SARS的傳播而言，醫務人員的感染率相對較高。雖然至今關於SARS還有很多不清楚的地方，但是它是壹種呼吸道傳染病。傳統的呼吸道傳染病預防措施完全可以預防其感染，大量的臨床實踐證明了這壹點。這充分說明，SARS在壹些醫院的傳播與臨床醫生普遍缺乏預防醫學知識、自我保護意識差、防護措施不到位密切相關。上述情況充分反映了疾病預防控制系統人員知識結構的不合理性。
4.急救藥品和物品的生產能力和儲備不足。根據對個別省市急救藥品配置和儲備情況的調查，認為儲備的急救藥品種類較多，儲備藥品品種和數量不足，針對性不強。醫藥企業科研力量薄弱，沒有應急開發能力；藥品生產不均衡，藥品生產盲目，不能根據疾病種類和人群數量的變化及時調整藥品品種結構；我國雖有中央和省級藥品儲備體系，但相互之間缺乏信息溝通，難以形成聯動。資金不到位，承儲企業虧損大，加劇了藥品儲備不足。
5.應急醫療救援基地網絡和應急實驗室檢測網絡尚未有效建立。全國尚未建立起統壹規劃、布局合理、功能明確、裝備齊全的省、自治區、直轄市、縣、鄉突發公***衛生事件緊急醫療救援基地網絡，特別是缺乏能夠承擔大災等大規模人員傷亡醫療救援任務的區域性緊急醫療救援中心，難以滿足各類突發事件中傷病員的緊急醫療救治需求。各級疾病預防控制機構實驗室應急檢測功能不到位，盟市級實驗室不完全具備“終判”檢測能力，縣級實驗室應急檢測能力不能滿足早期鑒定和初步鑒定的需要。
6.衛生應急信息管理亟待加強。信息第壹信息管理是應急工作的生命線。目前，各地衛生應急信息報送工作很不平衡，信息報送的及時性、準確性和敏感性有待提高。部分地區不能按相關要求報送非突發公***衛生事件應急醫療救援工作信息，存在此類信息不及時上報甚至不上報的現象。各類信息的分析利用和事件趨勢的研究相對薄弱，工作意識、專家隊伍和工作機制有待進壹步加強。