特殊病種住院的報銷規定如下：1、患有特殊病種的參保人員可以憑二級以上定點醫院開具的《門診特殊病種申請表》、出院記錄、門診病歷和相關的檢查報告化驗單到社保中心經辦窗口予以申請，申請批準以後產生的相關費用可以按照政策予以報銷。2、城鎮居民醫保門診特殊病種的起付標準為500元。
特殊病種變更流程是怎樣的
1、本地備案變更流程
本地特殊病種備案未到期，參保人員因病情需要變更特殊病種定點醫療機構的，應持社保卡到原選定特殊病種定點醫院辦理註銷手續。
辦理註銷手續前，應先結清原定點醫院特殊病種費用，由原特病定點醫院出具《北京市醫療保險特殊病種備案註銷單》，次日持社保卡及《北京市醫療保險特殊病種備案註銷單》到新選定的本地特殊病種定點醫院重新辦理備案手續。
2、異地備案變更流程
外地特殊病種備案未到期，參保人員因病情需要變更特殊病種定點醫療機構的，應持社保卡及單位出具的特病醫院變更說明到參保區(縣)醫保中心辦理註銷手續。
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法律依據
《社會保險法》第二十八條符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。第二十九條參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地就醫醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。