區別壹：所學內容的不同
藥學專業
藥學有藥理學，藥物分析學，藥物化學，臨床藥學等細分。
主幹課程：無機化學、有機化學、生物化學、化學分析、物理化學、藥物化學、天然藥物化學、藥劑學、藥物分析、藥理學等等。各校根據開設專業培養方向不同，課程設置也會有所差異。
藥劑專業
主幹學科：藥學、化學、生物學。?核心課程：分析化學、有機化學、物理化學、人體解剖生理學、微生物學與免疫學、生物化學、藥物化學、藥理學、藥物分析、工業藥劑學、生物藥劑學與藥物動力學、藥用高分子材料學、制劑工程學、化工原理等。?
區別二：畢業生應具備的知識和能力不同
藥學專業
畢業生應獲得以下幾方面的知識和能力：?
1、掌握藥劑學、藥理學、藥物化學和藥物分析等學科的基本理論、基本知識；?
2、掌握主要藥物制備、質量控制、藥物與生物體相互作用、藥效學和藥物安全性評價等基本方法和技術；?
3、具有藥物制劑的初步設計能力、選擇藥物分析方法的能力、新藥藥理實驗與評價的能力、參與臨床合理用藥的能力；?
4、熟悉藥事管理的法規、政策與營銷的基本知識；
藥劑專業
畢業生應獲得以下幾方面的知識和能力：
1、掌握物理化學、藥物化學、藥用高分子材料學、工業藥劑學、制劑設備與車間工藝設計等方面的基本理論、基本知識；
2、掌握制劑的研究、劑型設計與改進以及藥物制劑生產的工藝設計等技術；
3、具有藥物制劑的研究與開發、劑型的設計與改進和藥物制劑生產工藝設計的初步能力；
區別三：就業方向不同
藥學專業就業方向
藥學專業的就業方向大致分為如下幾種：科研人員——在大學、研究所、藥廠的研究部門，從事藥物的研發工作;醫院藥劑師——在醫院藥劑科、藥房、藥廠等從事制劑、質檢、臨床藥學等工作;藥檢人員——在藥檢所從事藥物的質量鑒定和制定相應的質量標準。
藥劑專業就業方向
藥物研究機構的新劑型和新給藥系統的開發研究；制藥公司和藥廠藥物制劑開發研究、新產品的研制、生產工藝和質量保證工作；有關高等院校的藥物制劑教學工作；醫院藥劑科中制劑的制備與管理及相關企業的產品開發與生產技術管理醫藥營銷等；報考醫藥管理部門的公務員。