1.價格不同：甲類藥品在同類藥品中價格比較低，能夠保證臨床治療基本需要。乙類藥品在同類藥品中比甲類藥品價格高，可供臨床治療選擇使用、療效好
2.報銷比例不同：甲類藥品的費用納入“基本醫療保險基金”給付範圍，並按照《基本醫療保險的給付標準》支付費用。參保人使用“甲類”藥品時，可以全額納入報銷範圍。而參保人使用“乙類”藥品時，凡未標註個人負擔比例的，需由個人先負擔壹定比例的（各地法規不同）藥品費用，其余部分列入醫療保險基金支付範圍。
3.銷售途徑不同：甲類藥品只可以在藥店裏面進行銷售，而乙類藥品不僅可以在藥店裏面進行銷售，而且還能在經過了藥監部門批準之後的賓館或者商店等地進行銷售。
診療項目目錄分為“甲類項目”和“乙類項目”，甲類項目和乙類項目區別如下：
1.概念不同：甲類目錄的診療項目是臨床診療必需、安全有效、費用適宜的診療項目。乙類目錄的診療項目是可供臨床診療選擇使用，效果確定，但需適當控制使用的診療項目。
2.報銷比例不同：甲類項目全額納入報銷範圍，而乙類項目需要個人先行負擔部分費用，其余費用納入報銷範圍。
基本醫療保險藥品目錄是指保證職工臨床治療必需的，納入基本醫療保險支付範圍內的藥品目錄，它是基本醫療保險用藥範圍管理的壹種方式。其主要作用是為了控制基本醫療保險支付藥品費用的範圍，是社會保險經辦機構支付參保人員藥品費用的依據。其目的是為了保障參保人員的基本醫療需求，保證醫療保險基金的收支平穩。它由甲類目錄和乙類目錄兩部分組成。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》 第二條
國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險、生育保險等社會保險制度,保障公民在年老、疾病、工傷、失業、生育等情況下依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。
第二十六條 職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險的待遇標準按照國家規定執行。
第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。