肝營養不良引起的腹瀉，壹定要清理幹凈，消除病因，保護肝膽。餵食水生植物，壹次吃太多幼草和精飼料引起的腹瀉，要及時消除。如果腹瀉三天左右沒有治愈，可以進行適當的抗感染治療，壹周後可能自愈，壹般為病毒性腹瀉。羊瘦弱，貧血，皮毛粗糙，失去光澤，有體外寄生蟲，持續腹瀉，在抗感染的同時要及時驅除。羊自身消化吸收功能障礙和長期用藥使瘤胃菌群失調，導致間歇性和持續性腹瀉，用微生態制劑治療。也可作為輔助治療緩解癥狀，使羊逐漸康復(此時應避免使用氯黴素等刺激性藥物)。
臨床上最常見的腹瀉是羊抵抗力差、消化不良引起的腹瀉，因消化不良的發病機制不同，癥狀也不同。可分為單純性消化不良和中毒性消化不良。單純性消化不良喜歡躺著，少食停奶，排出灰黃色暗綠色等稀便，體溫正常低，脫水後期走路不穩。中毒性消化不良有眼神呆滯，食欲不振，躺在地上，頭頸向壹側彎曲，體溫升高，排泄糞便，常有粘液和血。有的人不排便，然後脫水，體溫下降，四肢微寒，昏迷而死。單純性消化不良肌肉註射:黃連素、654-2、諾氟沙星、大蒜註射液等。同時口服人工鹽、乳糖酶、小蘇打、山楂丸、大黃等片劑。肌肉註射VC、慶大黴素、樟腦、糖鹽水、卡那黴素、碳酸氫鈉和漢黃芩素治療中毒性消化不良。同時口服DVD、小蘇打片、次硝酸鉍、矽碳銀等。
羔羊腹瀉的壹般治療方法可以是:諾氟沙星200mg。，SMZ 0.2g，口服，壹日兩次，連服三天。
單純性和中毒性消化不良的治療可根據當地實際情況。
適當合理用藥，止瀉的同時，要及時治療。如果腹瀉加重，會引起壹系列全身癥狀，如發熱、腸黏膜脫落、脫水、酸中毒、機體衰竭等。此時的治療原則是:強心補液，解痙鎮靜，調節胃腸功能，維持電解質平衡。與腹瀉合並，可引起壹系列器官疾病，實施綜合治療。