醫藥行業是我國國民經濟的重要組成部分，是傳統產業和現代產業相結合，壹、二、三產業為壹體的產業。其主要門類包括:化學原料藥及制劑、中藥材、中藥飲片、中成藥、抗生素、生物制品、生化藥品、放射性藥品、醫療器械、衛生材料、制藥機械、藥用包裝材料及醫藥商業。醫藥行業對於保護和增進人民健康、提高生活質量，為計劃生育、救災防疫、軍需戰備以及促進經濟發展和社會進步均具有十分重要的作用。在激烈的市場競爭中，醫藥行業通過各種形式的聯合、兼並與重組，在壹定程度上改變了醫藥企業規模過小、布局過度分散的局面，提高了生產集中度。醫藥行業已有25家企業進入國家520家大型企業的行列。醫藥工業銷售額前60家企業的生產集中度為35.7%，比"八五"末的19.7%提高了16個百分點，壹批優勢名牌企業在激烈的市場競爭中逐漸發展壯大。青黴素、維生素C、合成維生素E、阿斯匹林、撲熱息痛等大噸位產品的生產企業數量已大幅度減少。片劑、粉針劑、水針劑、輸液、膠囊5大類制劑前50家的生產集中度分別達到44.3%、97.6%、66.5%、58.9%和56.2%。所有制結構進壹步調整，基本形成了以公有制為主體、多種所有制經濟***同發展的格局。按產值計算，股份制經濟在全行業的比重已從"九五"初期的12%上升到33.2%，"三資"經濟從15%上升到18.8%，國有經濟從55%下降到36.1%。
醫藥流通體制改革步伐加快，醫藥商業打破了長期計劃經濟體制下形成的國有商業壹統天下的格局，產權結構向多元化方向發展，組建了壹批較規範的股份制企業和規模較大的企業集團。經營方式開始轉變，總代理、總經銷，集中配貨，連鎖經營等新的經營方式不斷湧現，尤其是連鎖經營在"九五"期間有較大的發展，全國已在壹些大中城市建立了近200家醫藥連鎖企業，連鎖經營的藥店超過5000個。壹批企業積極進行了醫藥電子商務的探索與試點。
西部地區的醫藥經濟有了長足發展。四川己成為我國中藥生產大省，雲南、貴州、青海、甘肅、內蒙、廣西等省區充分發揮當地資源優勢，已成為我國民族藥生產基地，促進了當地的經濟發展，優化了地區經濟結構。
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