1、使用範圍不同：國家基本藥物目錄不僅兼顧臨床必需，還考慮公***衛生必需，包括免疫規劃疫苗、抗艾滋病和結核病等藥品。醫保目錄指保證職工臨床治療必需的，納入基本醫療保險給付範圍內的藥品，分為甲類和乙類兩種。
2、支付方式不同：國家基本藥物目錄需采取多種方式保障有效供給，確保不斷供，政府通過定點、儲備等方式保障生產供應，通過財政專項經費或納入醫保基金予以高水平保障，提高患者對基本藥物的可負擔性。
醫保目錄藥物根據不同類支付方式不同，甲類的藥物全國基本統壹、能保證臨床治療基本需要的藥物。這類藥物的費用納入基本醫療保險基金給付範圍，並按基本醫療保險的給付標準支付費用。
乙類的藥物是指基本醫療保險基金有部分能力支付費用的藥物，這類藥物先由職工支付壹定比例的費用後，再納入基本醫療保險基金給付範圍，並按基本醫療保險給付標準支付費用。
3、優先級不同：國家基本藥物目錄是臨床首選、優先使用的壹線藥品，隨著按病種付費、總額預付等醫保支付方式改革不斷深入，從保證供應、指導臨床合理用藥角度，基本藥物目錄的指導性作用更強。
擴展資料：
壹、產生背景：
隨著我國從計劃經濟體制向市場經濟體制的轉變，迫切要求建立和健全包括社會醫療保險在內的社會保障體系。1998年12月，我國頒布了《關於建立城鎮職工基本醫療保險制度的決定》，標誌著新型醫療保障制度的建立。
為了保障職工基本醫療用藥，合理控制藥品費用，次年5月下發了《城鎮職工基本醫療保險用藥範圍管理暫行辦法》，規定基本醫療保險用藥範圍通過制定《基本醫療保險目錄》進行管理。
2000年，《國家基本醫療保險藥品目錄》誕生，我國醫療保險制度改革配套措施正式啟動。在此基礎上，國家勞動和社會保障部又於2004年9月頒布了《國家基本醫療保險和工傷保險藥品目錄》。
二、特點：
《國家基本藥物目錄》中的基本藥物，政府會采取多種方式保障有效供給，確保不斷供，通過定點、儲備等方式保障生產供應，通過財政專項經費或納入醫保基金予以高水平保障，提高患者對基本藥物的可負擔性。
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