1.海關總署；
2、廣東分署，天津、上海2個特派員辦事處，41個直屬海關和2所海關學校（上海海關學院、秦皇島海關學校）；
3、各直屬海關下設562個隸屬海關機構。
機構職能
各國的政治、經濟情況不同，關稅也不盡相同；即使在同壹個國家，不同歷史時期的關稅也有變化。但以下職責在絕大多數國家基本相同：
①對進出口貨物、旅客行李物品和郵遞物品、進出境運輸工具實施監督管理，有的叫通關管理，有的叫保證貨物、物品合法進出境。
②征收關稅。許多國家除征收關稅外，還在進出口環節代征國內稅費，如增值稅、消費稅和石油稅等。有的國家海關還征收反傾銷稅、反補貼稅和進口貨物罰金。
③走私調查。各國海關對逃避監管、商業性瞞報偷逃關稅的行為進行查緝，特別是對走私禁止和限制進出境的貨物、物品，尤其是毒品，各國海關都要加大查緝力度。
其他部分或個別國家的海關還有特殊職能：如編制對外商品貿易統計、保稅管理、沿海巡邏警戒、通航管理、版權和專利權保護等。
21世紀初，壹些國家除了對傳統的有形貿易（實物）進行監管外，還對無形貿易（服務貿易）進行監管。許多國家政府指示本國海關履行國際出口管制制度，即對高科技產品、導彈技術產品、核兩用品、生化武器、常規武器、環境汙染物質和有毒廢物、瀕危物種、文物等的監管制度。
1.進出境監管
對進出境的運輸工具、貨物、行李物品、郵遞物品和其他物品實施監管；征收關稅和其他稅費；查緝走私；進行海關統計；辦理海關其他業務。
中華人民共和國海關是國家的進出境監督管理機關，實行垂直管理體制，在機構設置上分為三級：
第壹級是海關總署；
第二級是廣東分署、天津和上海兩個特派員辦事處、41個直屬海關和兩所海關學校（上海海關學院和秦皇島海關學校）；
第三級是直屬海關下設的562個隸屬海關機構。
此外，還在布魯塞爾、莫斯科、華盛頓、香港等地設有派駐機構。
中國海關現有關員（含海關緝私警察）4.8萬余人。目前，***共有國家批準的海、陸、空壹類口岸253個，另有省級人民政府原批準的二類口岸近200個。
中國海關總署依照《海關法》的規定，對進出境運輸工具、貨物、行李物品、郵遞物品和其他物品實施監管。2003年，全國海關****，監管進出口貨物164254萬噸，進出境運輸工具2292萬艘（輛、架）次，進出境集裝箱4410萬標準箱，同比分別增長1.6%、3%和26.4%；監管進出境人員23259萬人次，郵遞物品9657萬件，快件5359萬件。
2.查緝走私
法律規定，海關是查緝走私的主管機關。中國海關總署為了維護國家經濟安全和對外貿易秩序，打擊走私犯罪。中國實行 "聯合緝私、統壹處理、綜合治理 "的緝私體制，海關負責組織、協調和管理緝私工作，公安、工商等執法部門配合，對查獲的走私案件進行統壹處理。1999年組建的海關緝私警察是國家打擊走私犯罪活動的主力軍。2003 年，全國海關***共查獲走私案件 12939 起；立案偵查涉嫌走私案件 12816 起，案值 100.8 億元；上繳罰沒收入 21.3 億元；罰款 309 萬元，處罰 3 萬人。2003 年，全國海關共查獲走私案件 12939 起，立案偵查涉嫌走私案件 12816 起，案值 100.8 億元，上繳罰沒收入 21.3 億元，對 3090 名犯罪嫌疑人采取了強制措施。與此同時，全國海關堅決查緝毒品、文物、武器彈藥、瀕危動植物和反動、淫穢、盜版、宗教散布宣傳品等走私犯罪，積極配合有關部門打擊騙匯、騙退稅、制售假冒偽劣商品等經濟犯罪，為維護國家經濟安全和社會穩定作出了積極貢獻。
三、統計工作
根據《海關法》規定，海關統計工作是中國海關總署的壹項重要業務。海關統計是國家對進出口貨物貿易的統計，負責對進出中國海關關境的貨物進行統計調查和分析，科學、準確地反映對外貿易的運行狀況，實施有效的統計監督。中國海關總署按月向社會發布中國對外貿易基本統計數據，定期向聯合國統計局、國際貨幣基金組織、世界貿易組織等有關國際組織報送中國對外貿易月度和年度統計數據，數據發布的及時性居世界領先地位。中國海關總署定期編輯出版《中國海關統計》月刊和年鑒，積極為社會各界提供統計信息和咨詢服務。
4、稅收
海關稅收是國家財政收入的重要來源，是國家實施宏觀調控的重要手段。根據法律規定，海關總署除征收關稅外，還負責征收與進口有關的增值稅和進口貨物消費稅。2003 年，全國海關共征收關稅和進口環節稅凈收入 3711.6 億元，比上年增加 1120.95 億元，增長 43.27%。1998-2003年，全國海關共征收各種稅費凈收入1371.348億元，促進了全國海關制度的完善和海關服務質量的提高。1998年至2003年，全國海關征收各項稅費凈入庫13713.48億元，為增強中央財力作出了重要貢獻。
法律依據
《中華人民共和國海關法》
第三條 國務院設立海關總署，統壹管理全國海關。國家在對外開放口岸和海關監管業務集中的地點設立海關。海關隸屬關系不受行政區劃限制。海關依法獨立行使職權，對海關總署負責。
第六條 海關可以行使下列職權：
（壹）檢查進出境的運輸工具，查驗進出境的貨物、物品，扣留違反本法或者其他有關法律、行政法規的貨物、物品；
（二）查驗進出境人員的證件，盤問違反本法或者其他有關法律、行政法規的嫌疑人員，對違法行為進行調查。