醫療服務收入：對按照國家規定的價格取得的醫療服務（指對患者進行檢查、診斷、治療、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫用材料器具、救護車、病房住宿和夥食的業務）收入免繳各項稅收，包括營業稅、企業所得稅及相關的附加、基金等；對不按國家規定價格取得的醫療服務收入則不得享受此項政策。
非醫療服務收入：取得的非醫療服務收入，如租賃收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等應按規定繳納各項稅收，包括營業稅、企業所得稅及相關的附加、基金等；對於非營利性醫療機構將其取得的非醫療服務收入直接用於改善醫療衛生條件的部分（指醫療機構在原有的醫療衛生條件的基礎上進行改善，如擴大門面，添置設備等情形），經稅務部門審核批準後，可抵扣其應納稅所得額，就其余額繳納企業所得稅。
非營利性醫療機構自產自用的制劑（指自配自產片劑、註射劑、氣霧劑、栓劑、丸劑、酊劑等）免繳增值稅，其余各項稅收仍然按規定繳納。
非營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，應按規定繳納各種稅收，包括增值稅、企業所得稅及相關的附加、基金等。
非營利性醫療機構自用的房產、土地、車船，免繳房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。
非營利性醫療衛生機構取得的收入，如果符合稅收優惠政策規定條件的，自取得執業登記之日起，應向主管地方稅務機關書面提出申請，同時附上申報材料。經主管稅務機關審核後，方可享受減稅照顧。申報材料包括：
1． 營業執照復印件、稅務登記證復印件；
2． 醫療機構執業許可證復印件；
3． 取得執業許可證前已有設備情況統計表；
4． 取得執業許可證後新添置設備情況表，並附購物發票；
5. 減免稅審批表。